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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Gromacs 溶剂可及表面(SAS)的计算源代码 已有1人参与

我在MS里计算的轨迹想在VMD里算亲水和疏水部分的溶剂可及表面(SAS)
现在遇到的问题是,在VMD里可以用measure sasa命令算整个分子的SAS,但是没法算各个部分对于SAS的贡献。就像gromacs里那样。
所以,我想看下gromacs里如何实现这一过程,却不知道在哪里查看源代码,请各位熟悉gromacs的帮忙
另,在VMD里如何算出各个部分对于SAS的贡献?


或者谁知道如何将MS里的轨迹转化为pdb格式,这样我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存为pdb只能存当前帧构象,不是轨迹。
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by angjzy at 2015-09-24 17:28:36
我的版本是4.5.3
5.0.4在gromacs-5.0.4/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules下

找到了,非常感谢,你有用过VMD算过sasa吗?看了一下gromacs的代码,没什么特别之处,它和VMD算sasa的区别在哪儿?
8楼2015-09-25 09:09:49
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查看全部 9 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

我特别想知道在gromacs里,total SAS和各个部分的SAS贡献是如何得来的

在VMD里,先select,再measure,那么各个部分的SASA总和必定大于total SASA,因为原子重叠部分重复计算了。

然而,据说,在gromacs,只算一次total SASA,然后把它divide成各部分的SAS,如何divide??
2楼2015-09-16 10:13:45
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

专家们帮忙会诊一下
3楼2015-09-17 11:11:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

没有人计算过SASA吗?求指教
4楼2015-09-21 09:22:37
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