24小时热门版块排行榜    

查看: 2465  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Gromacs 溶剂可及表面(SAS)的计算源代码 已有1人参与

我在MS里计算的轨迹想在VMD里算亲水和疏水部分的溶剂可及表面(SAS)
现在遇到的问题是,在VMD里可以用measure sasa命令算整个分子的SAS,但是没法算各个部分对于SAS的贡献。就像gromacs里那样。
所以,我想看下gromacs里如何实现这一过程,却不知道在哪里查看源代码,请各位熟悉gromacs的帮忙
另,在VMD里如何算出各个部分对于SAS的贡献?


或者谁知道如何将MS里的轨迹转化为pdb格式,这样我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存为pdb只能存当前帧构象,不是轨迹。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by angjzy at 2015-09-23 21:13:34
在gromacs 安装包里src/tools/gmx_sas.c 里面有sas源代码

gromacs的安装包的src里并没有tools这一项,版本为5.0.4
Gromacs 溶剂可及表面(SAS)的计算源代码
gromacs_src.jpg

6楼2015-09-24 13:53:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

我特别想知道在gromacs里,total SAS和各个部分的SAS贡献是如何得来的

在VMD里,先select,再measure,那么各个部分的SASA总和必定大于total SASA,因为原子重叠部分重复计算了。

然而,据说,在gromacs,只算一次total SASA,然后把它divide成各部分的SAS,如何divide??
2楼2015-09-16 10:13:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

专家们帮忙会诊一下
3楼2015-09-17 11:11:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

没有人计算过SASA吗?求指教
4楼2015-09-21 09:22:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:41 by 4wMiSEwB6436
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 4/200 2026-08-15 04:17 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:28 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 HFw0lei2R37i 2026-08-14 8/400 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
信息提示
请填处理意见