24小时热门版块排行榜    

查看: 2801  |  回复: 6

chongyangwin

木虫 (正式写手)

[求助] 请问,怎么样生成oplsaa力场的top文件? 已有1人参与

有一个新做的氨基酸或者小分子,想生成oplsaa力场的top文件,不知道有哪些软件工具可以用??
因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场,试了一些软件,topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊,不像Gromos力场,prodrg好强大,直接把itp,gro等等都生成出来了,兼容性也大。但是,我还是想跑oplsaa力场,oplsaa力场跑出来的更加精细,请求大侠帮助啊??能给个生成oplsaa力场的top文件的工具吗??
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

微观分子理论和模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

支持楼主,楼主威武
2楼2014-05-21 23:51:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 20:04:07
topolgen可以生产的,只不过那个里面的电荷要自己修改,还有电荷组也要自己修改,你开始的时候要注意自己的格式,不然会有很多的错误提示,还要先加氢,我是通过高斯加氢,然后又用chimera保存pdb格式,基本差不多
3楼2014-05-27 15:45:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chongyangwin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-27 15:45:10
topolgen可以生产的,只不过那个里面的电荷要自己修改,还有电荷组也要自己修改,你开始的时候要注意自己的格式,不然会有很多的错误提示,还要先加氢,我是通过高斯加氢,然后又用chimera保存pdb格式,基本差不多

能留个QQ吗?
4楼2014-05-28 09:56:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chongyangwin at 2014-05-28 09:56:38
能留个QQ吗?...

楼主你留你的吧,我加你~——~
5楼2014-05-28 12:00:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chongyangwin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 12:00:40
楼主你留你的吧,我加你~——~...

37010583
6楼2014-05-28 15:29:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小学姐的学长

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 12:00:40
楼主你留你的吧,我加你~——~...

你好,能帮下我吗...谢谢啦
597003933
7楼2015-08-01 06:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chongyangwin 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 云南财经大学信息学院计算机学硕专硕学位点 +3 zjptai 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:23 by 飞行琦
[考研] 环境调剂 +6 晓看天暮看云 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:16 by JourneyLucky
[考研] 招收0805(材料)调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +10 我想读研11 2026-03-10 10/500 2026-03-13 10:14 by Yuyi.
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
请填处理意见