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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何在top文件中定义新原子Se
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中，碰到了top文件中没有的残基MSE，其与MET的区别在于把甲硫氨酸（MET）中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE，但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊，请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
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1楼 2014-05-06 10:53:58
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:26:59
本帖内容被屏蔽
2楼2014-05-06 11:01:26
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸？直接修改pdb文件？...

我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以
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8楼2014-05-06 16:18:04
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普通回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:08
这个问题我也遇到过，NAMD生成psf文件时 非天然氨基酸需要替换掉才可以。
楼上的问答正确，确实先将MSE替换为MET
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3楼2014-05-06 11:28:35
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:13
如果有参数可以找到，自己在atomtype中重新进行定义
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gromacs
4楼2014-05-06 11:29:44
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ferlich at 2014-05-06 11:01:26
直接把MSE替换成甲硫氨酸

请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸？直接修改pdb文件？
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5楼2014-05-06 13:44:02
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-06 11:29:44
如果有参数可以找到，自己在atomtype中重新进行定义

不知道如何去寻找这些参数
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6楼2014-05-06 13:45:29
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸？直接修改pdb文件？...

我之前用met代替MSE通过拓扑文件制作的psf每次计算都会出问题（就是在制作psf文件的时候加上一句默认MSE等于MST）。
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7楼2014-05-06 13:56:31
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ferlich

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-05-06 16:56:03
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

VMD应该可到吧，我去试试
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10楼2014-05-06 17:08:26
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