应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何在top文件中定义新原子Se
131/2返回列表12下一页
查看: 1858  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中，碰到了top文件中没有的残基MSE，其与MET的区别在于把甲硫氨酸（MET）中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE，但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊，请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
[}L6BRIR(ELYMJWZ%{K{BVB.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-06 10:53:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ferlich

禁虫 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:26:59
本帖内容被屏蔽
2楼2014-05-06 11:01:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸？直接修改pdb文件？...

我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2014-05-06 16:18:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:08
这个问题我也遇到过，NAMD生成psf文件时 非天然氨基酸需要替换掉才可以。
楼上的问答正确，确实先将MSE替换为MET
赞一下 回复此楼
3楼2014-05-06 11:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:13
如果有参数可以找到，自己在atomtype中重新进行定义
赞一下 回复此楼
gromacs
4楼2014-05-06 11:29:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ferlich at 2014-05-06 11:01:26
直接把MSE替换成甲硫氨酸

请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸？直接修改pdb文件？
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-06 13:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-06 11:29:44
如果有参数可以找到，自己在atomtype中重新进行定义

不知道如何去寻找这些参数
赞一下 回复此楼
6楼2014-05-06 13:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸？直接修改pdb文件？...

我之前用met代替MSE通过拓扑文件制作的psf每次计算都会出问题（就是在制作psf文件的时候加上一句默认MSE等于MST）。
赞一下 回复此楼
7楼2014-05-06 13:56:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-05-06 16:56:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

VMD应该可到吧，我去试试
赞一下 回复此楼
10楼2014-05-06 17:08:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 风云瞬变 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭