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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中,碰到了top文件中没有的残基MSE,其与MET的区别在于把甲硫氨酸(MET)中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE,但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊,请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
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ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:26:59
本帖内容被屏蔽

2楼2014-05-06 11:01:26
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸?直接修改pdb文件?...

我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以
8楼2014-05-06 16:18:04
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普通回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:08
这个问题我也遇到过,NAMD生成psf文件时 非天然氨基酸需要替换掉才可以。
楼上的问答正确,确实先将MSE替换为MET
3楼2014-05-06 11:28:35
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:13
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义
gromacs
4楼2014-05-06 11:29:44
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ferlich at 2014-05-06 11:01:26
直接把MSE替换成甲硫氨酸

请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸?直接修改pdb文件?
5楼2014-05-06 13:44:02
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-06 11:29:44
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义

不知道如何去寻找这些参数
6楼2014-05-06 13:45:29
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸?直接修改pdb文件?...

我之前用met代替MSE通过拓扑文件制作的psf每次计算都会出问题(就是在制作psf文件的时候加上一句默认MSE等于MST)。
7楼2014-05-06 13:56:31
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ferlich

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

9楼2014-05-06 16:56:03
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

VMD应该可到吧,我去试试
10楼2014-05-06 17:08:26
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