24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1934  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中,碰到了top文件中没有的残基MSE,其与MET的区别在于把甲硫氨酸(MET)中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE,但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊,请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
[}L6BRIR(ELYMJWZ%{K{BVB.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-06 11:29:44
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义

不知道如何去寻找这些参数
6楼2014-05-06 13:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:26:59
本帖内容被屏蔽

2楼2014-05-06 11:01:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:08
这个问题我也遇到过,NAMD生成psf文件时 非天然氨基酸需要替换掉才可以。
楼上的问答正确,确实先将MSE替换为MET
3楼2014-05-06 11:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:13
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义
gromacs
4楼2014-05-06 11:29:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 271求调剂 +14 勒布朗@ 2026-03-31 19/950 2026-04-02 00:01 by 勒布朗@
[考研] 291求调剂 +20 Y-cap 2026-03-29 25/1250 2026-04-01 23:49 by 欣喜777
[考研] 一志愿北京科技,085601总分305求调剂 +9 半生瓜! 2026-04-01 10/500 2026-04-01 23:33 by 半生瓜!
[考研] 085600 295分求调剂 +15 W55j 2026-03-30 18/900 2026-04-01 23:00 by 来看流星雨10
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +28 洛神哥哥 2026-03-31 28/1400 2026-04-01 22:51 by peike
[考研] 289求调剂 +21 新时代材料 2026-03-27 23/1150 2026-04-01 22:42 by peike
[考研] 材料专硕调剂 +17 椰椰。 2026-03-29 17/850 2026-04-01 20:44 by cq2548
[考研] 310分求调剂 +4 成功上岸wang 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:35 by liu823948201
[考研] 349求调剂 +6 吃的不少 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[考研] 362求调剂 +13 西南交材料专硕3 2026-03-31 13/650 2026-04-01 17:38 by JYD2011
[考研] 0855机械初试280求调剂 +3 kazenotori 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:08 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +8 axibli 2026-04-01 8/400 2026-04-01 09:51 by 我的船我的海
[考研] 本2一志愿C9-333分,材料科学与工程,求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
[考研] 求化学调剂 +12 wulanna 2026-03-28 12/600 2026-03-31 16:38 by 690616278
[考研] 0703化学求调剂 +6 丹青奶盖 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:33 by 探123
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:06 by longlotian
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-27 8/400 2026-03-28 12:42 by 唐沐儿
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
信息提示
请填处理意见