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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中,碰到了top文件中没有的残基MSE,其与MET的区别在于把甲硫氨酸(MET)中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE,但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊,请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

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2楼: Originally posted by ferlich at 2014-05-06 11:01:26
直接把MSE替换成甲硫氨酸

请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸?直接修改pdb文件?
5楼2014-05-06 13:44:02
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

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4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-05-06 11:29:44
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义

不知道如何去寻找这些参数
6楼2014-05-06 13:45:29
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

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5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸?直接修改pdb文件?...

我之前用met代替MSE通过拓扑文件制作的psf每次计算都会出问题(就是在制作psf文件的时候加上一句默认MSE等于MST)。
7楼2014-05-06 13:56:31
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

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8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

VMD应该可到吧,我去试试
10楼2014-05-06 17:08:26
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

我尝试的直接修改PDB中的MSE为MST,可以顺利构建psf文件,但是进行模拟的时候老是出现错误,糟糕的构型等,或者是死循环。请问你一般是用的什么软件来改的啊?
11楼2014-05-10 18:56:11
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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

内容已删除
13楼2014-05-11 20:14:48
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