24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1926  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中,碰到了top文件中没有的残基MSE,其与MET的区别在于把甲硫氨酸(MET)中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE,但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊,请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
[}L6BRIR(ELYMJWZ%{K{BVB.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-06 13:44:02
请问是把PDB文件中的MSE换成甲硫氨酸?直接修改pdb文件?...

我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以
8楼2014-05-06 16:18:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:26:59
本帖内容被屏蔽

2楼2014-05-06 11:01:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:08
这个问题我也遇到过,NAMD生成psf文件时 非天然氨基酸需要替换掉才可以。
楼上的问答正确,确实先将MSE替换为MET
3楼2014-05-06 11:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:13
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义
gromacs
4楼2014-05-06 11:29:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料求调剂 +7 呢呢妮妮 2026-04-01 7/350 2026-04-01 22:26 by lemonade0702
[考研] 0710生物学求调剂 +6 manman511 2026-04-01 6/300 2026-04-01 21:40 by jndximd
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +10 脚滑的守法公民 2026-03-27 10/500 2026-04-01 17:23 by pies112
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +6 pipiver 2026-03-30 6/300 2026-04-01 16:11 by oooqiao
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 0856材料与化工调剂,339 +10 10213207 2026-03-31 10/500 2026-04-01 08:28 by Linda Hu
[考研] 318求调剂 +3 笃行致远. 2026-03-31 3/150 2026-03-31 20:27 by 求调剂zz
[考研] 材料求调剂 一志愿哈工大总分298分,前三科223分 +11 dongfang59 2026-03-27 11/550 2026-03-31 16:51 by Wang200018
[考研] 求化学调剂 +12 wulanna 2026-03-28 12/600 2026-03-31 16:38 by 690616278
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +4 Yam. 2026-03-30 5/250 2026-03-31 14:41 by 王亮_大连医科大
[考研] 334求调剂 +7 Trying] 2026-03-31 7/350 2026-03-31 12:33 by 无际的草原
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 310求调剂 +10 争取九点睡 2026-03-30 10/500 2026-03-30 16:45 by ztnimte
[考研] 求调剂 +10 张zz111 2026-03-27 11/550 2026-03-30 09:17 by 无际的草原
[考研] 一志愿双一流机械285分求调剂 +4 幸运的三木 2026-03-29 5/250 2026-03-29 14:49 by Miko19
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:06 by longlotian
[考研] 272求调剂 +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-27 17:23 by laoshidan
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
信息提示
请填处理意见