24小时热门版块排行榜    

查看: 1755  |  回复: 12

风云瞬变

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

我尝试的直接修改PDB中的MSE为MST,可以顺利构建psf文件,但是进行模拟的时候老是出现错误,糟糕的构型等,或者是死循环。请问你一般是用的什么软件来改的啊?
11楼2014-05-10 18:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:34
引用回帖:
11楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-10 18:56:11
我尝试的直接修改PDB中的MSE为MST,可以顺利构建psf文件,但是进行模拟的时候老是出现错误,糟糕的构型等,或者是死循环。请问你一般是用的什么软件来改的啊?...

只更改残基名称,还得要把关于Se的那一行删掉吧,不知道psf会不会把冗余信息删掉
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
12楼2014-05-10 19:00:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风云瞬变

金虫 (初入文坛)

内容已删除
13楼2014-05-11 20:14:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 风云瞬变 的主题更新
信息提示
请填处理意见