如何在top文件中定义新原子Se - 分子模拟 - Gromacs/Amber/NAMD - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

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金虫 (初入文坛)

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8楼: Originally posted by supertype at 2014-05-06 16:18:04
我一般是用可视化的软件打开后直接将MSE突变为Met。修改pdb文件应该也可以...

我尝试的直接修改PDB中的MSE为MST，可以顺利构建psf文件，但是进行模拟的时候老是出现错误，糟糕的构型等，或者是死循环。

请问你一般是用的什么软件来改的啊？

11楼2014-05-10 18:56:11

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铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:34

引用回帖:

11楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-10 18:56:11
我尝试的直接修改PDB中的MSE为MST，可以顺利构建psf文件，但是进行模拟的时候老是出现错误，糟糕的构型等，或者是死循环。

请问你一般是用的什么软件来改的啊？...

只更改残基名称，还得要把关于Se的那一行删掉吧，不知道psf会不会把冗余信息删掉

走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？

12楼2014-05-10 19:00:12

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金虫 (初入文坛)

内容已删除

13楼2014-05-11 20:14:48

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