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风云瞬变

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何在top文件中定义新原子Se 已有3人参与

我在进行制作psf文件中,碰到了top文件中没有的残基MSE,其与MET的区别在于把甲硫氨酸(MET)中的S换成了同主族的Se,我尝试直接在top文件中利用甲硫氨酸变换S为Se添加MSE,但是top文件如法识别新的原子Se,该怎么办啊,请各位大神不吝赐教。

如何在top文件中定义新原子Se
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:34
引用回帖:
11楼: Originally posted by 风云瞬变 at 2014-05-10 18:56:11
我尝试的直接修改PDB中的MSE为MST,可以顺利构建psf文件,但是进行模拟的时候老是出现错误,糟糕的构型等,或者是死循环。请问你一般是用的什么软件来改的啊?...

只更改残基名称,还得要把关于Se的那一行删掉吧,不知道psf会不会把冗余信息删掉
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
12楼2014-05-10 19:00:12
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ferlich

禁虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:26:59
本帖内容被屏蔽

2楼2014-05-06 11:01:26
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:08
这个问题我也遇到过,NAMD生成psf文件时 非天然氨基酸需要替换掉才可以。
楼上的问答正确,确实先将MSE替换为MET
3楼2014-05-06 11:28:35
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:27:13
如果有参数可以找到,自己在atomtype中重新进行定义
gromacs
4楼2014-05-06 11:29:44
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