24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2820  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chongyangwin

木虫 (正式写手)

[求助] 请问,怎么样生成oplsaa力场的top文件? 已有1人参与

有一个新做的氨基酸或者小分子,想生成oplsaa力场的top文件,不知道有哪些软件工具可以用??
因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场,试了一些软件,topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊,不像Gromos力场,prodrg好强大,直接把itp,gro等等都生成出来了,兼容性也大。但是,我还是想跑oplsaa力场,oplsaa力场跑出来的更加精细,请求大侠帮助啊??能给个生成oplsaa力场的top文件的工具吗??
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

微观分子理论和模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chongyangwin at 2014-05-28 09:56:38
能留个QQ吗?...

楼主你留你的吧,我加你~——~
5楼2014-05-28 12:00:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

支持楼主,楼主威武
2楼2014-05-21 23:51:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 20:04:07
topolgen可以生产的,只不过那个里面的电荷要自己修改,还有电荷组也要自己修改,你开始的时候要注意自己的格式,不然会有很多的错误提示,还要先加氢,我是通过高斯加氢,然后又用chimera保存pdb格式,基本差不多
3楼2014-05-27 15:45:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chongyangwin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-27 15:45:10
topolgen可以生产的,只不过那个里面的电荷要自己修改,还有电荷组也要自己修改,你开始的时候要注意自己的格式,不然会有很多的错误提示,还要先加氢,我是通过高斯加氢,然后又用chimera保存pdb格式,基本差不多

能留个QQ吗?
4楼2014-05-28 09:56:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 复试调剂 +7 春日来信- 2026-04-03 7/350 2026-04-05 12:50 by Hdyxbekcb
[考研] 求调剂,一志愿郑州大学材料与化工专硕,英二数二342分,求老师收留 +18 v12abo 2026-04-02 20/1000 2026-04-05 11:37 by a8144223
[考研] 数一英一 347 人工智能国奖论文都有求调剂 +3 乌拉儿山脉 2026-03-30 7/350 2026-04-05 10:32 by zhq0425
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +6 ioodiiij 2026-04-04 6/300 2026-04-05 10:09 by guoweigw
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-03 12/600 2026-04-04 21:46 by hemengdong
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 求调剂:085600材料与化工,考材科基,总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601,求调剂 +17 cdyw 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by w_xuqing
[考研] 295求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 21:01 by zhq0425
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 一志愿深大085601材料工程专业(专硕)300分可以调剂去哪 +8 10160315 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:36 by hypershenger
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 食品学硕362求调剂 +3 xuanxianxian 2026-04-01 3/150 2026-04-01 21:05 by 啊李999
[考研] 环境工程调剂 +9 hyzzzzzzz. 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:20 by salamander`
[考研] 考研材料工程351分调剂 +5 整个好的 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:36 by topgun2009
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 4/200 2026-04-01 00:00 by 321*
信息提示
请填处理意见