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chongyangwin

木虫 (正式写手)

[求助] 请问,怎么样生成oplsaa力场的top文件? 已有1人参与

有一个新做的氨基酸或者小分子,想生成oplsaa力场的top文件,不知道有哪些软件工具可以用??
因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场,试了一些软件,topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊,不像Gromos力场,prodrg好强大,直接把itp,gro等等都生成出来了,兼容性也大。但是,我还是想跑oplsaa力场,oplsaa力场跑出来的更加精细,请求大侠帮助啊??能给个生成oplsaa力场的top文件的工具吗??
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

支持楼主,楼主威武
2楼2014-05-21 23:51:38
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 20:04:07
topolgen可以生产的,只不过那个里面的电荷要自己修改,还有电荷组也要自己修改,你开始的时候要注意自己的格式,不然会有很多的错误提示,还要先加氢,我是通过高斯加氢,然后又用chimera保存pdb格式,基本差不多
3楼2014-05-27 15:45:10
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chongyangwin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-27 15:45:10
topolgen可以生产的,只不过那个里面的电荷要自己修改,还有电荷组也要自己修改,你开始的时候要注意自己的格式,不然会有很多的错误提示,还要先加氢,我是通过高斯加氢,然后又用chimera保存pdb格式,基本差不多

能留个QQ吗?
4楼2014-05-28 09:56:38
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chongyangwin at 2014-05-28 09:56:38
能留个QQ吗?...

楼主你留你的吧,我加你~——~
5楼2014-05-28 12:00:40
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chongyangwin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 12:00:40
楼主你留你的吧,我加你~——~...

37010583
6楼2014-05-28 15:29:52
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小学姐的学长

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 12:00:40
楼主你留你的吧,我加你~——~...

你好,能帮下我吗...谢谢啦
597003933
7楼2015-08-01 06:47:48
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