| 查看: 3079 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
chongyangwin木虫 (正式写手)
|
[求助]
请问，怎么样生成oplsaa力场的top文件？ 已有1人参与
|
||
|
有一个新做的氨基酸或者小分子，想生成oplsaa力场的top文件，不知道有哪些软件工具可以用？？ 因为我跑Gromacs用的是oplsaa全原子力场，试了一些软件，topolbuild,topolgen,MKTOP, 但是都出现这样那样的错误导致无法正确生成TOP文件。用oplsaa力场好悲催啊，不像Gromos力场，prodrg好强大，直接把itp,gro等等都生成出来了，兼容性也大。但是，我还是想跑oplsaa力场，oplsaa力场跑出来的更加精细，请求大侠帮助啊？？能给个生成oplsaa力场的top文件的工具吗？？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 微观分子理论和模拟 |
» 猜你喜欢
国自然评审意见
已经有8人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何在top文件中定义新原子Se
已经有12人回复
- 环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？
已经有12人回复
- tinker使用oplsaa力场的原子类型定义问题
已经有4人回复
- 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
已经有12人回复
- 怎么生成oplsaa力场的top文件
已经有3人回复
- Gromacs怎么使用clayff力场？
已经有6人回复
- 安装gromacs中碰到的问题，请高手帮忙解答，非常感谢！
已经有5人回复
- 离子液体模拟：如何从别的软件移植力场到Gromacs（itp文件的含义以及如何写itp文件）
已经有4人回复
- gromacs中的top文件
已经有16人回复
- gromacs中的oplsaa是什么版本，2001or2005
已经有6人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- NWChem计算生成的.top文件和 .rst文件各行各列的含义
已经有5人回复
- 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？
已经有13人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- gromacs oplsaa 力场中的原子类型
已经有6人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
chongyangwin
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 6820.5
- 散金: 38
- 红花: 2
- 帖子: 957
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 1791338
- 注册: 2012-05-02
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
6楼2014-05-28 15:29:52
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
2楼2014-05-21 23:51:38
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
3楼2014-05-27 15:45:10
chongyangwin
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 6820.5
- 散金: 38
- 红花: 2
- 帖子: 957
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 1791338
- 注册: 2012-05-02
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
4楼2014-05-28 09:56:38
30