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992648352

银虫 (小有名气)

应助: 10 (幼儿园)
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虫号: 1249767
注册: 2011-03-30
性别: GG
专业: 化工热力学和基础数据

[求助] gromacs能量最小化之后，分子构型都变了！！

刚接触gromacs，想模拟一下小分子有机物。先拿苯练手！
遇上一些问题，想请教一下各位！！谢啦
先讲一下我使用过程(避免是操作上的失误！！)
1、得到(PRODRG)苯的pdb文件(benzene.pdb)，建立一个空盒子（empty.gro）；
2、向空盒子中添加200个苯分子  genbox -cp empty.gro -ci benzene.pdb -nmol 200 -o benzene.gro ;
3、编写top文件和mdp文件，使用的是oplsaa力场，如附件！不知道写对没！！

***这里遇到一个问题是苯它是平面分子，我的力场给了improper 二面角，但是还是观察苯上的原子不共面***

4、grompp -f  benzene.mdp -c benzene.gro -p system.top -o benzene.tpr
5、mdrun -v -deffnm benzene
6、按理第2步得到的初始结构并不是合理的，需要先进行能量最小化步。但是得到的结果发现。能量最小过程后(超过迭代步数，能量并未收敛值规定值)，苯分子的构型完全变了，如图1,2  (前后比较！！)
###请各位看看，比较急！！金币不够再加！！！####
谢谢啦！！

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