| 查看: 1580 | 回复: 0 | ||
[求助]
gromacs能量最小化之后，分子构型都变了！！
|
|
刚接触gromacs，想模拟一下小分子有机物。先拿苯练手！ 遇上一些问题，想请教一下各位！！谢啦 先讲一下我使用过程(避免是操作上的失误！！) 1、得到(PRODRG)苯的pdb文件(benzene.pdb)，建立一个空盒子（empty.gro）； 2、向空盒子中添加200个苯分子 genbox -cp empty.gro -ci benzene.pdb -nmol 200 -o benzene.gro ; 3、编写top文件和mdp文件，使用的是oplsaa力场，如附件！不知道写对没！！ ***这里遇到一个问题是苯它是平面分子，我的力场给了improper 二面角，但是还是观察苯上的原子不共面*** 4、grompp -f benzene.mdp -c benzene.gro -p system.top -o benzene.tpr 5、mdrun -v -deffnm benzene 6、 按理第2步得到的初始结构并不是合理的，需要先进行能量最小化步。但是得到的结果发现。能量最小过程后(超过迭代步数，能量并未收敛值规定值)，苯分子的构型完全变了，如图1,2 (前后比较！！) ###请各位看看，比较急！！金币不够再加！！！#### 谢谢啦！！  1.png  2.png |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : benzene.gro
- 附件 2 : 2.png
- 附件 3 : benzene.pdb
- 附件 4 : empty.gro
- 附件 5 : benzene.gro
- 附件 6 : system.top
- 附件 7 : md.mdp
- 附件 8 : 1.png
2015-08-23 16:58:33, 105.55 K
2015-08-23 17:03:04, 28.66 K
2015-08-23 17:05:56, 1.25 K
2015-08-23 17:06:07, 28 bytes
2015-08-23 17:06:18, 105.55 K
2015-08-23 17:06:39, 100 bytes
2015-08-23 17:06:50, 879 bytes
2015-08-23 17:08:07, 6.31 K
» 猜你喜欢
各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕
已经有12人回复
-
359求调剂
已经有7人回复
-
070300化学专业279调剂
已经有10人回复
-
环境工程297分求调剂一志愿杭高院
已经有9人回复
-
一志愿武理材料工程302调剂环化或化工
已经有9人回复
-
309分085801求调剂
已经有5人回复
-
一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有5人回复
-
材料调剂
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有3人回复
-
311（085601）求调剂
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
