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992648352版主
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[求助]
gromacs能量最小化之后，分子构型都变了！！
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刚接触gromacs，想模拟一下小分子有机物。先拿苯练手！ 遇上一些问题，想请教一下各位！！谢啦 先讲一下我使用过程(避免是操作上的失误！！) 1、得到(PRODRG)苯的pdb文件(benzene.pdb)，建立一个空盒子（empty.gro）； 2、向空盒子中添加200个苯分子 genbox -cp empty.gro -ci benzene.pdb -nmol 200 -o benzene.gro ; 3、编写top文件和mdp文件，使用的是oplsaa力场，如附件！不知道写对没！！ ***这里遇到一个问题是苯它是平面分子，我的力场给了improper 二面角，但是还是观察苯上的原子不共面*** 4、grompp -f benzene.mdp -c benzene.gro -p system.top -o benzene.tpr 5、mdrun -v -deffnm benzene 6、 按理第2步得到的初始结构并不是合理的，需要先进行能量最小化步。但是得到的结果发现。能量最小过程后(超过迭代步数，能量并未收敛值规定值)，苯分子的构型完全变了，如图1,2 (前后比较！！) ###请各位看看，比较急！！金币不够再加！！！#### 谢谢啦！！  1.png  2.png |
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