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银虫 (小有名气)

[交流] 大家有做gromacs膜蛋白的交流下啊 已有3人参与

大家有没有用gromacs做膜蛋白动力学的,交流一下,现在自己很迷茫,希望高手指点一下!
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加油!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
先说说你哪里迷茫?
2楼2012-10-15 15:55:32
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469187892

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-15 15:55:32
先说说你哪里迷茫?

我做的体系含有[2FE-2S], [3FE-4S], [4FE-4S]cluster ,参数不知道该怎么设置 ,而且不清楚怎么调整蛋白与磷脂双分子层的位置,如果用pymol调整的话,原子编号就全乱了,与.top文件不一致,求帮助!
加油!
3楼2012-10-16 11:41:15
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469187892

银虫 (小有名气)

问题已解决,呵呵
加油!
4楼2012-11-29 08:58:47
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xiameng0010

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好,我还没入门,我想问你一下,在packmol中建的一个磷脂膜怎样在gromacs中进行分子动力学模拟,我实在不会把那个pdb格式的文件转化成gro格式的.
不论我的对手有多么强大,我都不会轻易说我输了.
5楼2015-07-11 15:38:36
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angjzy

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiameng0010 at 2015-07-11 15:38:36
你好,我还没入门,我想问你一下,在packmol中建的一个磷脂膜怎样在gromacs中进行分子动力学模拟,我实在不会把那个pdb格式的文件转化成gro格式的.

editconf 可以再pdb和gro间转换
6楼2015-07-21 00:15:48
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