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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家有做gromacs膜蛋白的交流下啊
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469187892

银虫 (小有名气)

[交流] 大家有做gromacs膜蛋白的交流下啊 已有3人参与

大家有没有用gromacs做膜蛋白动力学的，交流一下，现在自己很迷茫，希望高手指点一下！
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加油！
1楼 2012-10-15 15:53:17
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xiameng0010

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，我还没入门，我想问你一下，在packmol中建的一个磷脂膜怎样在gromacs中进行分子动力学模拟，我实在不会把那个pdb格式的文件转化成gro格式的.
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不论我的对手有多么强大，我都不会轻易说我输了．
5楼2015-07-11 15:38:36
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
先说说你哪里迷茫？
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2楼2012-10-15 15:55:32
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469187892

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-15 15:55:32
先说说你哪里迷茫？

我做的体系含有[2FE-2S], [3FE-4S], [4FE-4S]cluster ,参数不知道该怎么设置 ，而且不清楚怎么调整蛋白与磷脂双分子层的位置，如果用pymol调整的话，原子编号就全乱了，与.top文件不一致，求帮助！
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加油！
3楼2012-10-16 11:41:15
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469187892

银虫 (小有名气)
问题已解决，呵呵
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加油！
4楼2012-11-29 08:58:47
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