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Gromacs/Amber/NAMD
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Gromacs
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[已完结]
请问如何使用gromacs模拟微波
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2016-09-26
2016-09-26 20:19:04
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ERAL111
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Gromacs
]
[已完结]
Gromacs做dssp图形问题
(4/1031)
有你就足够
2016-08-06
2016-09-24 17:55:59
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JASE20
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Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs中compressibility的问题
(1/862)
kdcandy
2016-09-18
2016-09-20 01:12:42
by
brucefan
[
Gromacs
]
[已完结]
求 gromacs5.0 的 pbs 脚本
(0/363)
zhyh_
2016-09-18
2016-09-18 19:26:44
by
zhyh_
[
Gromacs
]
分享一篇用namd2做模拟来解释二甲基化的文章
(5/624)
JPPF
2011-12-14
2016-09-16 15:08:49
by
lerel12345
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs安装好了,但是命令不能识别
(3/907)
月灯三昧
2016-08-29
2016-09-10 18:07:11
by
qq423031541
[
Gromacs
]
想学习Amber进行动力学模拟,怎么入门?
(
1
2
)
(评阅+1)
(10/2756)
fengjunchen
2014-12-25
2016-09-07 19:26:42
by
fengrui826
[
Gromacs
]
Gromacs计算1000ns的动力学,该配置什么水平的显卡?
(5/1316)
zsy67bwtc
2016-08-31
2016-09-05 12:50:22
by
ghlsx
[
Gromacs
]
amber 12 manual
(29/2191)
hakuna
2012-11-29
2016-09-01 19:27:42
by
yuanjiayou
[
Gromacs
]
怎么建立冰的动力学模型
(34/2626)
qiulinqiong
2016-08-23
2016-08-25 15:08:11
by
qiulinqiong
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs构建细胞膜步骤
(5/1476)
wurong123
2016-07-21
2016-08-22 06:59:17
by
yongtianqiao
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS中文教程之: DPPC膜中的KALP15中的一个问题
(0/749)
jianjunjiang
2016-08-20
2016-08-20 08:25:12
by
jianjunjiang
[
Gromacs
]
[已完结]
用什么软件可以得到富勒烯C240,C540的分子坐标初始态文件
(1/999)
dubo
2011-10-14
2016-08-18 14:02:17
by
谷雨Gemini
[
Gromacs
]
[已完结]
求助大神,GROMACS中模拟膜蛋白中添加离子时出现不能识别的原子类型
(2/1212)
疯狂的鬼马
2016-08-01
2016-08-12 23:14:49
by
juvejones
[
Gromacs
]
[已完结]
请问gromacs里面如何将两个.gro文件组合起来
(4/2243)
jianjunjiang
2016-08-09
2016-08-12 10:00:45
by
jianjunjiang
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD进行动力学之后,怎么计算氢键或者盐键生存率
(2/315)
有你就足够
2016-07-25
2016-08-05 16:30:38
by
有你就足够
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD CUDA版本在Windows下运行异常求助
(0/1133)
Sion_Wang
2016-08-03
2016-08-03 13:32:29
by
Sion_Wang
[
Gromacs
]
[已完结]
哪位大神有能用的pymol ,给我一个版本,好嘛?
(1/739)
lx910615
2016-07-10
2016-07-24 10:34:52
by
nfywilliam
[
Gromacs
]
[已完结]
请问用VMD怎么实现把一些分子随机的放到一个盒子里?
(1/1179)
re-member
2016-05-17
2016-07-24 05:21:18
by
G、sir
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs计算时原系统带电荷,如何添加离子中和电性?
(8/3806)
lid5251
2013-03-05
2016-07-22 17:57:09
by
pengbin1992
[
Gromacs
]
[已完结]
小白提问:如何制作小肽链的pdb文件?
(8/1333)
peng660
2015-11-10
2016-07-22 13:38:23
by
peng660
[
Gromacs
]
gromacs构建细胞膜步骤
(0/738)
wurong123
2016-07-21
2016-07-21 20:17:16
by
wurong123
[
Gromacs
]
[已完结]
求助三卤甲烷的pdb文件或者psf文件
(0/583)
赵昕0326
2016-07-21
2016-07-21 20:08:04
by
赵昕0326
[
Gromacs
]
[已完结]
grompp运行出错,求大神指教
(
1
2
)
(评阅+1)
(13/2662)
水儿CoCo
2014-04-16
2016-07-21 14:15:27
by
15547230586
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs向体系当中添加urea
(1/454)
15547230586
2016-07-20
2016-07-21 06:37:40
by
jerkwin
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS运行出错了,求助中
(
1
2
)
(评阅+1)
(15/2288)
yangisyoung
2014-03-19
2016-07-20 08:06:10
by
lanzilanzi
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs里面石墨烯表面电荷
(1/840)
东南星辰
2016-06-15
2016-07-18 10:48:47
by
G、sir
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs向体系中加入两条蛋白质
(0/608)
15547230586
2016-07-16
2016-07-16 22:23:54
by
15547230586
[
Gromacs
]
[已完结]
用NAMD模拟蛋白构象变化,已得单体monomer的pdb,怎样构建二聚体dimer
(3/1477)
sssweetday
2016-05-23
2016-07-16 21:13:06
by
symsun
[
Gromacs
]
[已完结]
关于VMD的问题
(评阅+1)
(2/698)
孜孜--
2014-12-09
2016-07-06 14:52:09
by
qiulinqiong
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD 生成立方水体时,出现问题。
(2/623)
可乐白面包
2016-07-02
2016-07-04 02:10:59
by
MS_Z
[
Gromacs
]
[已完结]
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat自由能分解
(3/964)
cuijiaxin
2016-01-19
2016-07-02 22:01:33
by
cbrc_cadd
[
Gromacs
]
如何使用自建力场进行模拟
(5/1457)
chenjingzhi
2016-06-29
2016-06-30 20:36:25
by
jerkwin
[
Gromacs
]
[已完结]
分子模拟轨迹是什么
(6/1030)
lily_fj
2016-06-26
2016-06-29 10:19:19
by
lily_fj
[
Gromacs
]
[已完结]
用NAMD对ZIF-8跑动力学
(0/238)
xyz1992
2016-06-28
2016-06-28 21:21:44
by
xyz1992
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs+GMXPBSAtool 计算结合自由能结果很奇怪啊。。。
(2/2004)
飞飞是胖纸
2016-06-15
2016-06-27 16:58:20
by
飞飞是胖纸
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs在模拟过程中,盒子的大小会改变吗
(1/2653)
jianjunjiang
2016-06-25
2016-06-26 02:38:12
by
brucefan
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs模拟使用了gmx.ff的力场,求推荐这个力场的引用文献
(0/292)
fangsteel
2016-06-25
2016-06-25 21:37:45
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
如何分析液态水的氢键寿命?
(0/810)
xwwjd
2016-06-21
2016-06-21 09:22:37
by
xwwjd
[
Gromacs
]
[已完结]
请问能不能用matlab读取gromacs软件的计算结果(比如说.xtc格式的文件)
(2/1258)
jianjunjiang
2016-06-12
2016-06-14 15:19:21
by
lsloneil
[
Gromacs
]
[已完结]
mmpbsa.py.MPI能否单独编译获得?
(3/857)
benniu2004
2015-11-23
2016-06-13 18:02:58
by
benniu2004
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助!!!
(
1
2
)
(10/3720)
jamesxue
2013-04-19
2016-06-13 12:18:50
by
lyfxie8607
[
Gromacs
]
[已完结]
水分子氢键
(1/915)
tranquil1993
2016-06-04
2016-06-05 10:16:51
by
chuntao118
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs运行错误求解决方案
(2/973)
wj925806
2012-05-30
2016-06-03 14:17:53
by
sour1993
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
amber模拟ntpr和ntwx设置大一些会运算的快吗
(2/1008)
lyfxie8607
2016-05-27
2016-06-02 20:36:49
by
lyfxie8607
[
Gromacs
]
【求助】gromacs 4.0 不能并行
(1/545)
sinokang
2011-01-13
2016-06-01 12:29:46
by
十年磨练
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中如何修改1-5和1-6的LJ相互作用参数σ和ε
(0/658)
xuduo918
2016-05-30
2016-05-30 10:42:02
by
xuduo918
[
Gromacs
]
[已完结]
水球中心位置固定
(0/426)
tranquil1993
2016-05-27
2016-05-27 08:49:10
by
tranquil1993
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
跪求容易投的MD期刊,影响因子1分以上就行
(
1
2
)
(15/2959)
lyfxie8607
2016-05-18
2016-05-24 19:25:49
by
龙山狮崖
[
Gromacs
]
[已完结]
请问nand中做RMSD问题
(1/379)
江湖小弟
2016-05-22
2016-05-22 18:42:54
by
江湖小弟
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs加电场求教
(评阅+1)
(1/1759)
fanggeyuanye
2016-05-18
2016-05-21 04:17:35
by
jerkwin
[
Gromacs
]
[已完结]
哪位大神帮忙解决下,gromacs模拟当中出现的问题
(3/527)
汤子仟123
2016-04-27
2016-05-21 01:08:26
by
scholarallen
[
Gromacs
]
[已完结]
请问分子动力学模拟过程中L-J值的设定1.2和1.4有什么区别
(1/504)
白玉浴血
2016-05-18
2016-05-19 08:24:14
by
chuntao118
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs做NPT模拟
(评阅+1)
(2/705)
baoyuan6969
2016-05-16
2016-05-16 16:21:45
by
baoyuan6969
[
Gromacs
]
[已完结]
求问gromacs里有什么命令可以计算分子数量随时间的变化?
(7/1062)
浅爱123
2016-05-11
2016-05-13 23:40:28
by
G、sir
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
Amber tools安装完成后make test,显示的内容属于报错吗?求助!谢谢!!!
(1/1062)
ycqzl
2016-05-04
2016-05-04 20:08:08
by
ycqzl
[
Gromacs
]
哪位大神帮忙解决下gromacs模拟当中出现的这种问题
(11/721)
汤子仟123
2016-04-27
2016-04-27 13:55:36
by
汤子仟123
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD topology文件求助
(1/466)
wengpeipei
2016-04-15
2016-04-27 11:01:06
by
我无语了123
[
Gromacs
]
静电作用的截断半径
(
1
2
)
(评阅+1)
(17/1694)
po390
2015-06-08
2016-04-25 20:46:42
by
青大柯尔斯滕
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
大家可以提供一些这方面的论文网站吗
(0/270)
加速度123
2016-04-25
2016-04-25 13:11:01
by
加速度123
[
Gromacs
]
[已完结]
amber软件计算结合自由能(GBSA/PBSA)
(1/1796)
junzhang1989
2016-04-14
2016-04-22 11:54:59
by
殷赋科技
[
Gromacs
]
[已完结]
请教对于一个蛋白酶的模拟,需要处理该体系的生理盐度吗?
(2/375)
zhangmao511
2016-04-14
2016-04-22 11:45:27
by
殷赋科技
[
Gromacs
]
在用amber12做能量分解的时候,遇到F原子或Cl原子,应该做怎样的处理啊,急。
5
(评阅+1)
(2/776)
沙漠猎人
2015-05-07
2016-04-22 09:06:52
by
殷赋科技
[
Gromacs
]
[已完结]
求Namd软件下载地址
(6/1391)
zh8888885
2015-12-23
2016-04-20 13:47:31
by
密集雨
[
Gromacs
]
[已完结]
请问石墨烯片的力场该怎么构建?
(0/740)
白玉浴血
2016-04-19
2016-04-19 09:55:17
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
在Gromacs里MM/PBSA怎么弄啊,还有Normal Mode Analysis
(0/634)
870277182
2016-04-19
2016-04-19 08:52:33
by
870277182
[
Gromacs
]
[已完结]
请问谁知道在windows系统中gromacs是怎么安装的?
(2/2630)
白玉浴血
2016-04-15
2016-04-16 08:23:48
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
【求助】怎么用gromacs建水合物结构
(1/763)
过路人AT
2016-04-15
2016-04-15 11:35:01
by
殷赋科技
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD如何判断离子通过了离子通道
(8/1073)
franktang
2016-04-07
2016-04-11 20:16:31
by
franktang
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD构造细胞膜时,如何只在膜的一侧加入离子
(8/1447)
franktang
2016-04-05
2016-04-11 20:15:54
by
franktang
[
Gromacs
]
[已完结]
不在学校要怎么使用AMBER?
(0/352)
judy-yjy
2016-04-10
2016-04-10 15:19:46
by
judy-yjy
[
Gromacs
]
[已完结]
求助1、cat_dcd用法,2、金纳米粒子参数问题
(8/1040)
yylcx
2016-03-22
2016-04-09 11:10:05
by
yylcx
[
Gromacs
]
【求助】amber力场参数在gromacs软件中的移植
(评阅+1)
(1/457)
xiaodu716
2010-12-21
2016-04-07 09:14:12
by
xiaodu716
[
Gromacs
]
在计算能量分解时存在的问题,希望大家能共同探讨一下
(2/1078)
落雁双飞
2012-03-09
2016-04-07 06:08:17
by
---木鱼---
[
Gromacs
]
[已完结]
能量最小化没有跑完
(2/552)
wahaha28317
2016-03-28
2016-04-05 14:56:47
by
wahaha28317
[
Gromacs
]
[已完结]
做硅基与蛋白质NAMD模拟,生成硅基PDB,如何生成PSF文件
(0/308)
weipengyu
2016-03-29
2016-03-29 10:20:47
by
weipengyu
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
哪个系统的依赖库比较全,适合Amber安装
(3/599)
lyfxie8607
2016-03-28
2016-03-28 21:02:53
by
earth
[
Gromacs
]
[已完结]
为什么Amber跑的模拟前半段正常,后半段变成了二维平面?
(评阅+1)
(3/585)
泛分子
2016-01-11
2016-03-24 16:56:24
by
泛分子
[
Gromacs
]
[已完结]
请问怎样用amber计算特定原子间的距离~~
(2/1180)
笨笨猫123
2016-03-22
2016-03-24 13:38:39
by
笨笨猫123
[
Gromacs
]
[已完结]
pdb结构处理
(3/1155)
douwenhui
2016-03-08
2016-03-24 09:55:26
by
douwenhui
[
Gromacs
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[已完结]
gromacs中冰盒子能量最小化不收敛,得不到hessian是什么原因?
(0/854)
Janetwx
2016-03-24
2016-03-24 08:11:18
by
Janetwx
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Gromacs
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[已完结]
关于Gromacs的energygrp-excl
(1/1048)
shabeir
2016-03-11
2016-03-22 20:53:54
by
克罗米虎
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Gromacs
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[已完结]
gromacs中g_angle运行时,group该如何选择?
(1/811)
hotfoxprince
2016-02-29
2016-03-22 20:49:30
by
克罗米虎
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Gromacs
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[已完结]
新手求教,g_bond 和 g_angle不会用,快死掉了,求大神救救
(4/821)
eerri2000
2016-03-18
2016-03-22 20:44:13
by
克罗米虎
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Gromacs
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[已完结]
gromacs umbrella sampling problem
(1/630)
菲同寻常
2016-03-21
2016-03-22 20:42:34
by
克罗米虎
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Gromacs
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[已完结]
GMX氢键或原子距离怎么计算
(1/1000)
dawn_95
2016-03-17
2016-03-22 20:39:56
by
克罗米虎
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Gromacs
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[已完结]
NAMD如何自定义力
(2/360)
franktang
2016-03-06
2016-03-21 21:40:02
by
franktang
[
Gromacs
]
cgenff生成电荷、键角等惩罚值过大怎么办
(0/903)
qiusir1
2016-03-21
2016-03-21 16:58:24
by
qiusir1
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Gromacs
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[已完结]
dcd文件
(1/1658)
fantasy19841003
2016-03-17
2016-03-21 15:07:14
by
supertype
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Gromacs
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[已完结]
请教各位大神,生成psf文件的过程中,出现如下的错误是什么原因造成的啊?谢谢
(1/355)
martinique
2016-03-08
2016-03-21 14:56:43
by
supertype
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Gromacs
]
[已完结]
请教各位大神,Topology文件中PRES 的含义及用法
(2/533)
martinique
2016-03-08
2016-03-21 14:52:43
by
supertype
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Gromacs
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[已完结]
amber中 ERROR: I could not find enough velocities in
(1/1636)
凯旋1029
2016-03-17
2016-03-19 08:16:00
by
wbfeng721
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Gromacs
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[已完结]
关于cutoff值
(6/1958)
凯旋1029
2016-03-15
2016-03-18 05:33:10
by
小蜗牛8728
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Gromacs
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[已完结]
求MgCl2的gro或pdb文件,用于gromacs模拟
(0/308)
zhulilan
2016-03-17
2016-03-17 15:48:36
by
zhulilan
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Gromacs
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[已完结]
求助!amber进行mmpbsa时候,出错!
(3/647)
sunjiachen
2015-11-13
2016-03-15 14:24:50
by
小希1122
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Gromacs
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[已完结]
统计离子浓度 水合层半径
(0/507)
东南星辰
2016-03-13
2016-03-13 01:00:54
by
东南星辰
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Gromacs
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[已完结]
umbrella sampling
(1/2245)
zhuxinzhe
2015-01-05
2016-03-10 14:08:48
by
菲同寻常
[
Gromacs
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[已完结]
groamc如何在top文件中对wall进行设置
(3/1831)
小_书_虫_
2016-03-07
2016-03-10 07:39:54
by
G、sir
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Gromacs
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namd 模拟糖蛋白
(5/1369)
ArthurFSun
2014-08-12
2016-03-08 16:09:32
by
jwusyao
[
Gromacs
]
[已完结]
求助 求Gromacs模拟popc的教程,官网上的脂质力场怎么用
(0/580)
hdx1991
2016-03-08
2016-03-08 16:04:09
by
hdx1991
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