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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD如何自定义力
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franktang

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD如何自定义力 已有1人参与

在NAMD-userguide里的第九部分看到了自定义力的介绍，涉及到几个参数的设定，但是并没有说明是在哪里加入这几个参数，是在配置文件中修改吗？多谢了！

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1楼 2016-03-06 10:49:49
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

立场文件中主要包括 BONDS ANGLES DIHEDRALS 。。。
等几个参数，你自己的立场参数可以分别放到这几个部分中去。
但一般的做法是自己的力场参数单独存放。在conf文件中加上就可以
SIMULATION PARAMETERS 部分加上
parameters ../selfdir/self.par
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2楼2016-03-21 15:54:11
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franktang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by supertype at 2016-03-21 15:54:11
立场文件中主要包括 BONDS ANGLES DIHEDRALS 。。。
等几个参数，你自己的立场参数可以分别放到这几个部分中去。
但一般的做法是自己的力场参数单独存放。在conf文件中加上就可以
SIMULATION PARAMETERS 部分加上 ...

你好，还想问一下在运行仿真的时候，显示错误无法打开CHARMM参数文件prm是什么原因呢？多谢

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3楼2016-03-21 21:40:02
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