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franktang

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD如何自定义力 已有1人参与

在NAMD-userguide里的第九部分看到了自定义力的介绍,涉及到几个参数的设定,但是并没有说明是在哪里加入这几个参数,是在配置文件中修改吗?多谢了!

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supertype

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【答案】应助回帖

立场文件中主要包括 BONDS ANGLES DIHEDRALS 。。。
等几个参数,你自己的立场参数可以分别放到这几个部分中去。
但一般的做法是自己的力场参数单独存放。在conf文件中加上就可以
SIMULATION PARAMETERS 部分加上
parameters ../selfdir/self.par
2楼2016-03-21 15:54:11
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franktang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by supertype at 2016-03-21 15:54:11
立场文件中主要包括 BONDS ANGLES DIHEDRALS 。。。
等几个参数,你自己的立场参数可以分别放到这几个部分中去。
但一般的做法是自己的力场参数单独存放。在conf文件中加上就可以
SIMULATION PARAMETERS 部分加上 ...

你好,还想问一下在运行仿真的时候,显示错误无法打开CHARMM参数文件prm是什么原因呢?多谢

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3楼2016-03-21 21:40:02
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