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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » grompp运行出错，求大神指教
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
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10楼: Originally posted by huyingdamon at 2014-06-23 21:02:25
就是小分子的top你是怎么获得的呢，我去年学的GMX，小分子top不知道怎么得到，后来看到用PRODRG，可是好像这样得到的电荷有错误，模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈...

电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的
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11楼2014-06-25 15:09:39
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-06-25 15:09:39
电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的...

其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都可以顺利进行。只是结果没什么用，我有点担心是电荷问题，因为期待两个分子相互作用，但从轨迹看似乎相隔有点远。你有什么建议没，谢谢哈
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12楼2014-06-26 22:34:10
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by huyingdamon at 2014-06-26 22:34:10
其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都 ...

高斯计算电荷win7可以用的，不难啊，你看一看高斯计算单点能的教程例子就好，要修改电荷还有电荷组，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ex/02_topology.html
这个教程里面有写的，修改电荷电荷组，那个结果分析我也是没怎么入门
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13楼2014-06-27 08:53:01
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15547230586

新虫 (初入文坛)
请问您这个问题是怎样解决的呢，我也遇到了这个问题，但是不知道该怎样修改拓扑文件？

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14楼2016-07-21 17:15:27
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