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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

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专业: 药物化学

[求助] grompp运行出错，求大神指教已有2人参与

运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr

Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)

WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]:
  6 non-matching atom names
  atom names from mcl4.top will be used
  atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored

Analysing residue names:
There are: 152 Protein residues
There are:    1    Other residues
There are:  7635    Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:    0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data

There was 1 note

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584

Fatal error:
Too many warnings (1), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.

这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件应该是没有问题的。
然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn
出现以下错误
Fatal error:
Expected an integer argument for option -maxwarn

我不知道该怎么改文件啊，求大神指点

要疯了

mcl4-solv.jpg

top.jpg

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1楼2014-04-16 09:17:05

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水儿CoCo

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引用回帖:

12楼: Originally posted by huyingdamon at 2014-06-26 22:34:10
其他的都不该就改电荷就可以是吗还有高斯我没用过那个计算电荷难吗在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都 ...

高斯计算电荷win7可以用的，不难啊，你看一看高斯计算单点能的教程例子就好，要修改电荷还有电荷组，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... ex/02_topology.html
这个教程里面有写的，修改电荷电荷组，那个结果分析我也是没怎么入门