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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

[求助] grompp运行出错,求大神指教 已有2人参与

运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr

Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)

WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]:
  6 non-matching atom names
  atom names from mcl4.top will be used
  atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored


Analysing residue names:
There are:   152    Protein residues
There are:     1      Other residues
There are:  7635      Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:       0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data

There was 1 note

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584

Fatal error:
Too many warnings (1), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.

这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件,mdp文件应该是没有问题的。
然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn
出现以下错误
Fatal error:
Expected an integer argument for option -maxwarn

我不知道该怎么改文件啊,求大神指点要疯了

grompp运行出错,求大神指教
mcl4-solv.jpg


grompp运行出错,求大神指教-1
top.jpg
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by huyingdamon at 2014-06-23 21:02:25
就是小分子的top你是怎么获得的呢,我去年学的GMX,小分子top不知道怎么得到,后来看到用PRODRG,可是好像这样得到的电荷有错误,模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈...

电荷是不准确的,电荷组也是,我是用高斯计算然后自己更改的,文件形式一致就好,电荷是可以改的
11楼2014-06-25 15:09:39
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查看全部 14 个回答

dkgmx

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-16 18:26:27
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值 它最多能忍受的警告值 默认为0 你要把它改成1
坚持
2楼2014-04-16 09:40:07
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dkgmx at 2014-04-16 09:40:07
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值 它最多能忍受的警告值 默认为0 你要把它改成1

可是关键是在哪里改还有肿么改捏而且那两个文件不用改吗,虽然我不知道怎么改,但是警告好多啊
3楼2014-04-16 09:44:32
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dkgmx

木虫 (正式写手)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-04-16 18:26:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-04-16 09:44:32
可是关键是在哪里改还有肿么改捏而且那两个文件不用改吗,虽然我不知道怎么改,但是警告好多啊...

grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1  最后加个1   继续往下做 看看会不会出现相关错误 不出错就没事

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

坚持
4楼2014-04-16 10:21:53
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