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[求助]
Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助！！！
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各位前辈： 小弟按照Amber官网教程完整学习完MM-PBSA，并将自己的复合物做了遍MM-PBSA，过程较为顺利。不过其中有很多不解的地方还希望和大家探讨学习，问题有点多，希望各位前辈见谅哈！~ 1、 用perl脚本分析heat.out density.out equil.out时 （http://ambermd.org/tutorials/adv ... /process_mdout.perl）， ./process_mdout.pl heat.out density.out equil.out 得到的结果却是Permission Denied？这样没法生成.DENSITY .TEMP .ETOT文件用于xmgr分析了，怎办？ 2、 每次运行prod时，都发现run.x运行不了， （http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/run.x），这是为何？ 无奈只得逐次prod.in输入运行，发现prod1.mdcrd还OK，但从prod2开始就说STOP PMEMD Terminated Abnormally! 看了.out中说，couldn’t find enough velocities in prod1.rst，于是将irest=1 ntx=5修改为irest=0 ntx=1，又说input errors occurred. Terminating executive. 怎办？ 无奈下一步只好将heat.mdcrd density.mdcrd equil.mdcrd和prod1.mdcrd汇总，无法得到后面的prod2/3/4.mdcrd一起分析，应该怎样改进才行？ 3、 除了xmgr，还有没其它看这些density，temperature，total energy结果的方式？ 电脑是Centos的，安装需要很多根文件，但总是装不尽根文件，总是要再装再装，有没简便一点的方案？ 4、 计算MM/PBSA和MM/GBSA，内容如下： MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd GB顺利，PB显示为： Beginning PB calculations with /opt/amber12/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... CalcError: /opt/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop ras-raf.prmtop! 想问下是何原因PBSA总是不行？？ 5、 计算结合自由能能量分解，内容如下： $ MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd 明明我是按结合自由能能量分解的教程输入的，得出来的结果竟还是只有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat！并没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat！而且很奇怪脚本-i并没有输入mmpbsa_pairwise_decomp.in的地方，但教程明明已经详细列出，这是为何？是不是教程有误？ 另，还有个小问题，pairwise的.in为啥idecomp=1而不是3或4？而且print_res不应该是n的平方吗，为啥还是n？ 6、 不甘心，于是将5改为： $ MMPBSA.py -O -i mmpbsa_pairwise_decomp.in -o FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd 结果刚算GB时，结果就为： Beginning GB calculations with /opt/amber12/bin/sander calculating complex contribution... Error opening unit 30: File "_MMPBSA_dummycomplex.inpcrd" is missing or unreadable CalcError: /opt/amber12/bin/sander failed with prmtop ras-raf.prmtop! 不知原因为啥，更别提进一步算PBSA了！！ 最后，谢谢各位前辈的耐心解决，我一定尽快回复各位的应助，辛苦各位前辈了~！！ 真心渴求学习的菜鸟求助~~~ |
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 amber | amber |
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2楼2013-04-19 09:01:51
，前辈能详细讲解下吗？辛苦了~\\(≧▽≦)/~！3楼2013-04-19 09:36:12
【答案】应助回帖
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jamesxue: 金币+70, ★★★很有帮助, 谢谢wangyan10前辈的热心解答！！！！ 2013-04-20 00:04:29
jamesxue: 金币+70, ★★★很有帮助, 谢谢wangyan10前辈的热心解答！！！！ 2013-04-20 00:04:29
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如果想要只打印部分残基，在计算的一开始，会生成MDIN文件。应该有很多，你需要把每个MDIN文件打开，然后进行编辑。编辑的地方应该是有PRINT RES字样的，你打开文件就能看到了。把所有的相关文件编辑好之后，需要在你的提交作业的脚本中添加-use-mdins的关键字，并重新提交作业进行计算。至少我做过的是这样的情况，不知道能不能帮到你。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
jamesxue4楼2013-04-19 10:43:49
好的，前辈，我这就回去试试！！想请教下前辈其他问题有啥心得不~~~5楼2013-04-19 13:25:42
6楼2013-04-19 15:52:56
金虫 (小有名气)
铁军
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8楼2014-11-29 17:35:02
9楼2015-06-27 10:43:55
| 楼主您好！我想问一下，您采用的教程就是Amber官网的教程3：MM-PBSA（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/）吗？？？你的脚本也是教程里面的吗？？？我现在要做结合能的残基能量分解，但是不懂怎么做，也还没确定教程。。。额！ |
10楼2015-11-09 11:06:19
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