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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教对于一个蛋白酶的模拟，需要处理该体系的生理盐度吗？
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教对于一个蛋白酶的模拟，需要处理该体系的生理盐度吗？ 已有1人参与

如题。我现在在模拟一个蛋白酶，想问一下，模拟的时候要不要处理一下体系的生理盐度呢（我的蛋白酶在细胞内）？
比如，add Na+ and Cl−ions to the system for maintaining physiological salinity (150 mM) 。

是处理一下好，还是处不处理都可以呢？？谢谢。。
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1楼 2016-04-14 15:51:12
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
中和到0电荷就好了

发自小木虫IOS客户端
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2楼2016-04-15 13:41:44
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殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

我们研究的大多数蛋白都是在细胞内的，常规做法是加Na+和Cl-至体系呈中性即可。
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3楼2016-04-22 11:45:27
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