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gromacs能做吸附等温线相关的模拟么?
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zzybjr
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liumo111
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Gromacs
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【求助】产生psf文件时出现的Missing atoms for conformation definition
(评阅+1)
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nufang19a
2011-04-16
2017-03-27 06:36:41
by
宋梦华
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Gromacs
]
[已完结]
lammps能结合mm3力场使用么
(0/550)
bluejh
2017-03-24
2017-03-24 16:13:57
by
bluejh
[
Gromacs
]
[已完结]
钙离子,锌离子的AutoDock
(4/1714)
jackwangee
2011-12-14
2017-03-24 15:37:01
by
nkwjg
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Gromacs
]
[已完结]
NAMD,完全一样的conf文件,但结果差异显著
(1/983)
可乐白面包
2017-03-23
2017-03-23 11:13:41
by
hclwonder
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Gromacs
]
[已完结]
Xmgrace和origin那个做模拟画图能好点
(3/1409)
五绝神鹰
2017-03-03
2017-03-22 14:45:53
by
月只蓝
[
Gromacs
]
[已完结]
轨迹文件形式转化问题
(1/459)
学员uYvEGW
2017-03-22
2017-03-22 10:56:46
by
MD初学者
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Gromacs
]
gromacs求助
(2/470)
学员Xc9iyU
2017-03-20
2017-03-21 03:05:19
by
qyj2006
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD初始速度设置
(1/518)
fanhuifang
2017-03-17
2017-03-20 08:43:37
by
fanhuifang
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD
(6/1189)
douwenhui
2015-09-25
2017-03-17 07:45:45
by
douwenhui
[
Gromacs
]
[已完结]
金属分子的pdb文件怎么生成
(评阅+5)
(2/946)
简点爱
2017-03-14
2017-03-14 15:50:29
by
简点爱
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Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
Amber的nmode熵计算,受体配体3000个原子,需要计算多久
(2/920)
lyfxie8607
2017-03-11
2017-03-12 11:57:44
by
lyfxie8607
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Gromacs
]
[已完结]
amber新手求助双金属离子体系动力学模型
(2/577)
muddbby
2016-10-08
2017-03-11 10:47:20
by
jhjjy2013
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Gromacs
]
[已完结]
GROMACS问题求助
(4/662)
轻轻的来
2016-11-07
2017-03-11 06:35:26
by
18655479372
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Gromacs
]
高聚物cross-linking的模拟
(2/540)
shabeir
2017-03-09
2017-03-11 03:49:03
by
yujingui
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Gromacs
]
【求助】NAMD和VMD联用如何产生ligand的topology和parameter文件
(评阅+1)
(8/2808)
sjnyongle
2010-12-14
2017-03-07 18:29:46
by
宸雨沐沐
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Gromacs
]
[已完结]
VMD中如何正确显示十二面体的盒子
(1/1801)
lcxw1224
2017-03-06
2017-03-07 00:04:20
by
jerkwin
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Gromacs
]
[已完结]
gromacs 模拟NPT系宗出问题
(8/2621)
jiaoyixiong
2012-10-06
2017-02-24 06:51:22
by
juanjuan0618
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs设置不同的作用区域
(0/363)
youngfi
2017-02-23
2017-02-23 13:03:33
by
youngfi
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD蛋白质复合物粗粒化处理
(1/774)
fanhuifang
2016-07-13
2017-02-23 07:06:45
by
fanhuifang
[
Gromacs
]
[已完结]
请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法?
(7/4152)
lingogo
2013-07-22
2017-02-22 18:00:34
by
shangning
[
Gromacs
]
[已完结]
去哪里找em.mdp文件啊??
(评阅+6)
(5/1497)
cyl001
2014-03-15
2017-02-22 08:35:48
by
晓杨木木
[
Gromacs
]
[已完结]
怎样从DNA序列测出DNA的三级结构
(2/1111)
五绝神鹰
2017-01-09
2017-02-19 21:02:25
by
xu1870492193
[
Gromacs
]
[已完结]
关于gromacs教程的疑惑问题
(2/764)
18655479372
2017-01-05
2017-02-17 22:07:49
by
晓杨木木
[
Gromacs
]
Gromacs怎么使用clayff力场?
(评阅+5)
(6/3153)
姬宫千歌音
2013-11-06
2017-02-17 18:57:31
by
晓杨木木
[
Gromacs
]
[已完结]
轨迹文件形式转化问题
(5/2009)
学员uYvEGW
2017-02-14
2017-02-15 20:30:25
by
MD初学者
[
Gromacs
]
[已完结]
使用g_mmpbsa计算mm读取tpr文件失败
(0/934)
拎壶冲啊
2017-02-08
2017-02-08 19:25:28
by
拎壶冲啊
[
Gromacs
]
一种未知蛋白的pdb文件可获得,但是他的拓扑文件如何生成?
(3/940)
ssssunhe
2017-01-12
2017-01-23 16:26:53
by
lestatx
[
Gromacs
]
[已完结]
请教:关于vmd产生psf文件
(1/1470)
xuyanyan521
2016-12-09
2017-01-23 11:06:22
by
lestatx
[
Gromacs
]
[已完结]
关于gromacs中g_energy得到的相互作用能
(0/1422)
linlin9
2017-01-19
2017-01-19 10:36:38
by
linlin9
[
Gromacs
]
[已完结]
求助!gromcs创建盒子,盒子里加入2个小肽(原始文件为PDB格式)。
(2/487)
zqc_75665
2017-01-16
2017-01-18 10:32:30
by
血轮眼郑辉
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs tutorial 中膜蛋白的例子出错
(3/661)
469187892
2012-09-08
2017-01-16 07:23:36
by
笑看云开
[
Gromacs
]
[已完结]
pb_potential_volume值计算
(0/331)
douwenhui
2017-01-15
2017-01-15 21:24:37
by
douwenhui
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs模拟金属氧化物选用buckingham的问题
(4/871)
hfxywhy
2017-01-06
2017-01-14 23:24:53
by
hfxywhy
[
Gromacs
]
[已完结]
GPU跑NAMD出错求帮助
(7/1730)
125442548
2017-01-02
2017-01-13 16:29:07
by
lyl453433939
[
Gromacs
]
[已完结]
麻烦请问下有人有甲烷(CH4)在gromacs的gmx力场下的参数么,联合原子模型的
(评阅+1)
(1/1441)
fangsteel
2015-04-29
2017-01-12 23:08:56
by
水美美文
[
Gromacs
]
[已完结]
求助!!!从蛋白质库下载的1qsu.pdb,用pdb2gmx出现错误,如何删除pdb中的HYP
(4/760)
学员Xc9iyU
2017-01-07
2017-01-11 13:09:14
by
hdx1991
[
Gromacs
]
[已完结]
高价求AMBER16
(1/808)
lamda
2017-01-10
2017-01-10 20:31:35
by
hclwonder
[
Gromacs
]
[已完结]
已知buckingham势里面的A,B,C项,怎么转化成LJ里面的C6,C12呢?
(评阅+1)
(4/1277)
little_lion
2014-10-16
2017-01-09 13:27:30
by
hfxywhy
[
Gromacs
]
【求助】如何使用gromacs中的constraint
(8/2980)
shengxiang
2011-03-14
2017-01-07 06:49:11
by
ruthxu
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中如何使用Buckingham势能参数
(
1
2
)
(13/1614)
上善若水-川
2012-05-13
2017-01-06 05:52:23
by
hfxywhy
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber Tools安装问题 求助!感谢大家!!!
(6/1329)
ycqzl
2016-05-04
2017-01-04 16:49:35
by
ycqzl
[
Gromacs
]
脂质分子单层膜的表面张力
(0/1130)
shabeir
2017-01-04
2017-01-04 13:57:49
by
shabeir
[
Gromacs
]
The Amber Biomolecular Simulation Programs
(21/356)
200699wang
2011-07-04
2016-12-30 17:53:09
by
lsbaa1937
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs安装问题,ubuntu系统内核安装后怎么编译?
(5/773)
Ivy286
2016-12-22
2016-12-30 05:20:38
by
Ivy286
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD中跑动力学时NVT体系下如何设置盒子成真空
(0/837)
re-member
2016-12-29
2016-12-29 09:37:40
by
re-member
[
Gromacs
]
[已完结]
双亲性短肽纳米组装体中二级结构分析
(0/735)
myoled
2016-12-28
2016-12-28 11:46:58
by
myoled
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学模拟如何合并文件
(4/1334)
雪野千树
2016-12-18
2016-12-27 16:51:42
by
LeeGenuine
[
Gromacs
]
[已完结]
用solvatebox能不能按水分子个数加?
(0/578)
memeone
2016-12-27
2016-12-27 12:39:59
by
memeone
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber 运行求助
(0/477)
好孩子坏孩子
2016-12-27
2016-12-27 11:04:16
by
好孩子坏孩子
[
Gromacs
]
[已完结]
lammps怎么在运行一定步数后改变盒子大小
(1/2566)
龙也乐逍遥
2016-12-26
2016-12-26 19:55:07
by
龙也乐逍遥
[
Gromacs
]
[已完结]
键的约束问题
(4/1046)
2368126698
2016-12-22
2016-12-23 17:27:36
by
zzybjr
[
Gromacs
]
Gromacs 安装问题 以及 mdrun 非法命令 求大神!
(2/1614)
linanlanda
2014-10-16
2016-12-22 18:35:14
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD在体系两端加真空层后,跑nvt,体系扩散严重怎么办啊?
(1/716)
yj112358
2016-12-20
2016-12-21 12:12:29
by
yj112358
[
Gromacs
]
请问有人购买过AMBER软件吗?
(6/2847)
00811022
2016-11-18
2016-12-20 11:01:06
by
史至名归
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD/VMD 构建真空层
(4/1569)
po390
2014-10-26
2016-12-20 09:00:40
by
yj112358
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
Gromacs在设置立场中遇到fatal error
(0/1437)
雪野千树
2016-12-16
2016-12-16 16:44:04
by
雪野千树
[
Gromacs
]
[已完结]
DNA链末端3'和5'残基在Gromacs力场参数中找不到而无法识别,怎么办?
(2/1070)
李大木
2016-01-14
2016-12-16 07:48:36
by
lsx19921130
[
Gromacs
]
请教有关gromacs模拟中SMD的相关设置
(0/1170)
Pangs
2016-12-12
2016-12-12 12:02:57
by
Pangs
[
Gromacs
]
[已完结]
ssh端gromacs无法运行
(5/1123)
tianyueli
2012-12-04
2016-12-11 16:53:23
by
日不落0922
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
求助GROMACS软件安装包,万分感谢
(4/1363)
zqr153
2016-08-05
2016-12-09 17:52:35
by
Zzzlk
[
Gromacs
]
亲们都用什么电脑计算NAMD呢?
(2/633)
ssssunhe
2016-11-23
2016-12-09 17:27:00
by
amaxzhou
[
Gromacs
]
[已完结]
金纳米粒子建模——原子晶格模型
(评阅+1)
(9/3230)
站立的树
2014-04-30
2016-12-08 14:05:28
by
xuyanyan521
[
Gromacs
]
[已完结]
利用amber做能量分解的输入文件问题
(评阅+1)
(2/626)
小则
2014-07-18
2016-12-07 19:53:05
by
仙女Shasha
[
Gromacs
]
[已完结]
amber计算自由能分解时报错:DecompError: Mismatch in number of decomp terms!
(7/3126)
岸芷汀蓝冰
2015-06-22
2016-12-07 16:35:40
by
仙女Shasha
[
Gromacs
]
[已完结]
小白虚拟机上练习装gromacs,在编译lam的时候遇到问题,大家帮忙看看
(3/1150)
月灯三昧
2016-08-25
2016-11-30 10:18:39
by
wuhoudao
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs中加入离子
(5/2936)
liuyusuc
2011-09-01
2016-11-29 17:02:26
by
yj112358
[
Gromacs
]
[已完结]
求助啦!!!求Ⅱ型胶原蛋白结构在PDB库里面的ID
(0/337)
学员Xc9iyU
2016-11-25
2016-11-25 16:04:51
by
ghbzw520
[
Gromacs
]
[已完结]
晶体的MD
(0/628)
xuduo918
2016-11-25
2016-11-25 10:35:13
by
xuduo918
[
Gromacs
]
[已完结]
如何评估一个体系用多少节点跑namd时,效率最高?
(2/757)
peng660
2016-03-25
2016-11-21 23:06:34
by
peng660
[
Gromacs
]
[已完结]
Ambertools的指令可以批处理吗
(0/269)
lily_fj
2016-11-19
2016-11-19 18:50:02
by
lily_fj
[
Gromacs
]
[已完结]
动态相关性DCCM分析
(0/3187)
lily_fj
2016-11-17
2016-11-17 16:53:55
by
lily_fj
[
Gromacs
]
[已完结]
EM出现Water molecule starting at atom 5110 can not be settled
(6/2544)
youngfi
2013-07-22
2016-11-16 08:07:20
by
月灯三昧
[
Gromacs
]
【讨论】grompp产生的问题
(5/1265)
Jfreda
2011-04-12
2016-11-14 17:54:04
by
月灯三昧
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD 模拟无机材料的参数问题,例如CdS
(0/500)
yylcx
2016-11-14
2016-11-14 12:29:23
by
yylcx
[
Gromacs
]
【求助】关于vmd-tutorial-files
(评阅+1)
(6/2345)
astringent
2010-08-01
2016-11-13 09:45:42
by
xuyanyan521
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs对水的非平衡MD模拟
(0/1008)
152441153
2016-11-10
2016-11-10 15:53:09
by
152441153
[
Gromacs
]
【讨论】水分子的两个HT原子之间不应该成键
(8/1895)
nufang19a
2010-12-17
2016-11-10 08:09:19
by
fanhuifang
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD自己生成小分子的psf文件时总多一个氨基酸的cooH和NH3还有CA,为什么
(6/1020)
supertype
2016-03-17
2016-11-10 06:28:09
by
排骨仙科研
[
Gromacs
]
[已完结]
为什么我用namd 计算例子 cpu和 gpu占用率为0?
(0/1130)
999938825
2016-11-07
2016-11-07 20:30:49
by
999938825
[
Gromacs
]
分子模拟中溶液的浓度单位M是什么,与常规的浓度单位是什么关系
(11/1734)
re-member
2016-10-31
2016-11-04 16:33:59
by
一次性保温杯
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs NEMD模拟
(
1
2
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(12/2288)
明月照清渠
2012-12-06
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chibang367
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gromacs用NEMD的MP方法的问题
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Alauvia
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GROMACS 小分子top文件
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zhangfan2192
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【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
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御剑江湖
2011-04-07
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Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边
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aizazadi525
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芝麻开花
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哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么?
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ssq1996
2016-10-16
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gromacs球形限制力怎么加
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hdx1991
2016-03-24
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水盒子变形
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re-member
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【求助】namd续跑问题
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douwenhui
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Gromacs
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[已完结]
学amber tutorial 遇到参数文件无法产生,急求答案
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倩430
2012-09-25
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NAMD的10Ala-tutorial 的da.dat、da.mat和Fexact.dat的数据是怎么产生的
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【原创】几个可供参考的mpd资源
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Youngchsh
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蛋白质中氨基酸残基质子化状态---PROPKA
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新手学习有关拉伸的问题,相关的拉伸方向不会设置,求指点!
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GROMACS 快速入门网络视频上线啦
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请问如何用amber对肽链进行cap操作
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,用packmol得到混合物的pdb,应该如何转换成psf
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赵昕0326
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NAMD - 如何正確定義 & 計算未知有機分子的電荷?
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gn02530640
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[已完结]
NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境
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有你就足够
2016-07-01
2016-09-29 17:26:57
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