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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs tutorial 中膜蛋白的例子出错
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469187892

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs tutorial 中膜蛋白的例子出错

请问下有人做过这个膜蛋白模拟的tutorial吗？我运行了第一步 pdb2gmx就出错了 pdb2gmx -f KALP-15_princ.pdb -o KALP-15_processed.gro -ignh -ter -water spc
出错信息如下：
Program pdb2gmx, VERSION 4.0.2
Source code file: pgutil.c, line: 87

Fatal error:
Atom H not found in residue 17 while adding improper
有人知道怎么解决吗？谢谢拉！
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加油！
1楼 2012-09-08 15:10:30
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-09 09:16:50
469187892: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-09-10 08:13:27
问题很明显啊：
“Atom H not found in residue 17 while adding improper”，就是说你的模型不完整，缺 H   原子
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2楼2012-09-09 09:12:01
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469187892

银虫 (小有名气)
是gromacs版本问题，安装个最新的版本，问题就解决了
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加油！
3楼2012-11-29 09:04:07
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笑看云开

新虫 (初入文坛)
楼主。你这个教程修改好的力场文件能给我一份吗？我想对比一下，我改了好几遍都有问题
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4楼2017-01-16 10:23:36
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