应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs tutorial 中膜蛋白的例子出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 686  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

469187892

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs tutorial 中膜蛋白的例子出错

请问下有人做过这个膜蛋白模拟的tutorial吗？我运行了第一步 pdb2gmx就出错了 pdb2gmx -f KALP-15_princ.pdb -o KALP-15_processed.gro -ignh -ter -water spc
出错信息如下：
Program pdb2gmx, VERSION 4.0.2
Source code file: pgutil.c, line: 87

Fatal error:
Atom H not found in residue 17 while adding improper
有人知道怎么解决吗？谢谢拉！
回复此楼

» 猜你喜欢
加油！
1楼 2012-09-08 15:10:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-09 09:16:50
469187892: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-09-10 08:13:27
问题很明显啊：
“Atom H not found in residue 17 while adding improper”，就是说你的模型不完整，缺 H   原子
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-09 09:12:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

469187892

银虫 (小有名气)
是gromacs版本问题，安装个最新的版本，问题就解决了
赞一下 回复此楼
加油！
3楼2012-11-29 09:04:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑看云开

新虫 (初入文坛)
楼主。你这个教程修改好的力场文件能给我一份吗？我想对比一下，我改了好几遍都有问题
赞一下 回复此楼
4楼2017-01-16 10:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 469187892 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +13 新时代材料 2026-03-27 13/650 2026-03-29 01:16 by 544594351
[考研] 305求调剂 +7 RuiFairyrui 2026-03-28 7/350 2026-03-29 00:40 by 544594351
[考研] 一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。 +7 nnnnnnn5 2026-03-25 7/350 2026-03-29 00:32 by 我是小康
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求调剂 +5 0857求调剂. 2026-03-24 6/300 2026-03-28 22:04 by zhq0425
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +7 芋泥小铃铛 2026-03-28 7/350 2026-03-28 21:38 by 小木虫tim
[考研] 275求调剂 +10 Micky11223 2026-03-25 14/700 2026-03-28 15:48 by Micky11223
[考研] 材料与化工272求调剂 +9 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 9/450 2026-03-28 15:21 by 1018329917
[考研] 药学105500求调剂 +3 Ssun。。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 11:24 by lxf170613
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 287求调剂 +10 land xuxu 2026-03-26 10/500 2026-03-27 15:33 by 帕尔马拉特
[考研] 314求调剂 +3 溪云珂 2026-03-26 3/150 2026-03-27 11:20 by sanrepian
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 351求调剂 +4 麦克阿磊 2026-03-24 4/200 2026-03-27 00:32 by wxiongid
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +17 RichLi_ 2026-03-25 17/850 2026-03-26 19:44 by plmuchong
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +7 niko- 2026-03-22 7/350 2026-03-25 20:14 by qingfeng258
[考研] 各位老师您好：本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭