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李大木

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 41
帖子: 6
在线: 4.7小时
虫号: 3258091
注册: 2014-06-06
专业: 生物大分子结构与功能

[求助] DNA链末端3'和5'残基在Gromacs力场参数中找不到而无法识别，怎么办？

使用Hyperchem软件搭建的DNA双链的pdb文件，使用Gromacs模拟时，末端的3-CAP和5-CAP残基由于在Gromacs力场文件中没有对应的残基名称，所以无法进行处理和运行。想请教大家有没有什么办法可以解决这个问题。

注：
1、Hyperchem和gromacs力场文件（如amber03、charmm27文件夹中的dna.rtp等）对于DNA的基团的命名不同，需要手动修改，但是力场参数文件里关于基团的分类只有A、T、C、G及其变种，没有关于末端残基的名称。
2、我试过去掉残基后进行模拟，此时末端会出现电荷过大，模拟结果反常且易报错。
3、我要做的DNA体系比较反常，需要自己搭建特殊的构型。如果有其他可以自主搭建DNA结构pdb文件的软件，希望哪位虫友可以推荐一下，万分感谢！

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