| 查看: 1192 | 回复: 2 | ||
[求助]
DNA链末端3'和5'残基在Gromacs力场参数中找不到而无法识别，怎么办？
|
|
使用Hyperchem软件搭建的DNA双链的pdb文件，使用Gromacs模拟时，末端的3-CAP和5-CAP残基由于在Gromacs力场文件中没有对应的残基名称，所以无法进行处理和运行。想请教大家有没有什么办法可以解决这个问题。 注： 1、Hyperchem和gromacs力场文件（如amber03、charmm27文件夹中的dna.rtp等）对于DNA的基团的命名不同，需要手动修改，但是力场参数文件里关于基团的分类只有A、T、C、G及其变种，没有关于末端残基的名称。 2、我试过去掉残基后进行模拟，此时末端会出现电荷过大，模拟结果反常且易报错。 3、我要做的DNA体系比较反常，需要自己搭建特殊的构型。如果有其他可以自主搭建DNA结构pdb文件的软件，希望哪位虫友可以推荐一下，万分感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
面上合作单位盖章
已经有5人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有8人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
申请删除本帖
已经有7人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有11人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有6人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
2楼2016-01-20 13:33:39
lsx19921130
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 794.3
- 帖子: 326
- 在线: 96.6小时
- 虫号: 2803632
- 注册: 2013-11-15
- 专业: 出血、凝血与血栓
3楼2016-12-16 10:48:36
10