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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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李大木

铁虫 (初入文坛)

[求助] DNA链末端3'和5'残基在Gromacs力场参数中找不到而无法识别,怎么办?

使用Hyperchem软件搭建的DNA双链的pdb文件,使用Gromacs模拟时,末端的3-CAP和5-CAP残基由于在Gromacs力场文件中没有对应的残基名称,所以无法进行处理和运行。想请教大家有没有什么办法可以解决这个问题。

注:
1、Hyperchem和gromacs力场文件(如amber03、charmm27文件夹中的dna.rtp等)对于DNA的基团的命名不同,需要手动修改,但是力场参数文件里关于基团的分类只有A、T、C、G及其变种,没有关于末端残基的名称。
2、我试过去掉残基后进行模拟,此时末端会出现电荷过大,模拟结果反常且易报错。
3、我要做的DNA体系比较反常,需要自己搭建特殊的构型。如果有其他可以自主搭建DNA结构pdb文件的软件,希望哪位虫友可以推荐一下,万分感谢!
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李大木

铁虫 (初入文坛)

好吧,我已经自己解决了,是我想法错了。
2楼2016-01-20 13:33:39
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lsx19921130

新虫 (正式写手)

楼主怎么解决的,能留个联系方式吗?
3楼2016-12-16 10:48:36
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