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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助！！！从蛋白质库下载的1qsu.pdb，用pdb2gmx出现错误，如何删除pdb中的HYP
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ghbzw520

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2017-01-07 19:53:48
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不能删除的吧，删除这个残基的话蛋白就变了额，如果真要删，可以先把这个转换成gro，然后删除就好了
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gromacs
2楼2017-01-09 22:08:06
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ghbzw520

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
3楼2017-01-09 22:41:15
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ghbzw520 at 2017-01-09 22:41:15
恩嗯，好像也不能删除，那该怎么办呢，是不是gromacs力场文件里可以找其他的残基替换掉HYP...

不行，这个蛋白该是什么就是什么，还有一个方法是你可以去一些网站生成top文件，http://blog.sciencenet.cn/blog-44565-1019583.html
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gromacs
4楼2017-01-11 11:02:38
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hdx1991

新虫 (著名写手)
hyp是把一个残基磷酸化了，你百度一下，是哪个氨基酸磷酸化的，然后随便找个软件突变回去，或者找个磷酸化力场

发自小木虫Android客户端
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5楼2017-01-11 13:09:14
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