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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？
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ssq1996

新虫 (初入文坛)

[求助] 哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？ 已有1人参与

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢？刚开始做分子动力学模拟，本科生小白，希望得到大家帮助

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1楼 2016-10-16 20:07:22
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lemonvivi

新虫 (小有名气)
请问同学，你的Gromacs软件在哪下载的
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2楼2016-10-29 11:24:54
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hdx1991

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lemonvivi at 2016-10-29 11:24:54
请问同学，你的Gromacs软件在哪下载的

http://www.gromacs.org/Downloads

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3楼2016-10-29 18:02:10
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你的是金属蛋白么，你先试试用VMD打开你的轨迹。select “not water and not protein” 看看有没有你的钙离子。
如果是金素蛋白，金属离子移位比较严重的话，在平衡阶段最好先把金属限制住，到production的时候在松开试试
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4楼2016-10-29 22:09:15
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