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ssq1996

新虫 (初入文坛)

[求助] 哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么? 已有1人参与

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么?为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢?刚开始做分子动力学模拟,本科生小白,希望得到大家帮助

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lemonvivi

新虫 (小有名气)

请问同学,你的Gromacs软件在哪下载的
2楼2016-10-29 11:24:54
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hdx1991

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lemonvivi at 2016-10-29 11:24:54
请问同学,你的Gromacs软件在哪下载的

http://www.gromacs.org/Downloads

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3楼2016-10-29 18:02:10
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你的是金属蛋白么,你先试试用VMD打开你的轨迹。select “not water and not protein” 看看有没有你的钙离子。
如果是金素蛋白,金属离子移位比较严重的话,在平衡阶段最好先把金属限制住,到production的时候在松开试试
4楼2016-10-29 22:09:15
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