| 查看: 1731 | 回复: 7 | ||
[求助]
GPU跑NAMD出错求帮助 已有3人参与
|
|
我用TESLA K20 在本地服务器跑NAMD，为什么没多线程同时跑，并且最关键的是动力学跑一会就自动退出了，报错如下： FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html ------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------ Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html Charm++ fatal error: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html [8] Stack Traceback: [8:0] [0x12c1525] [8:1] [0x5b06c8] [8:2] [0xaf9842] [8:3] [0x12d6acd] [8:4] [0x12cac02] [8:5] [0x12c125a] [8:6] [0x12be773] [8:7] +0x8182 [0x7fde2bb58182] [8:8] clone+0x6d [0x7fde2ac5900d] [8] Stack Traceback: [8:0] [0x12c1c05] [8:1] [0x12c14de] [8:2] [0x12c1525] [8:3] [0x5b06c8] [8:4] [0xaf9842] [8:5] [0x12d6acd] [8:6] [0x12cac02] [8:7] [0x12c125a] [8:8] [0x12be773] [8:9] +0x8182 [0x7fde2bb58182] [8:10] clone+0x6d [0x7fde2ac5900d] 有哪位大神遇到过这种情况么？跪求指导。。。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有9人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有6人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有4人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有3人回复
-
退学或坚持读
已经有28人回复
-
面上项目申报
已经有3人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2017-01-02 23:39:24
|
我的体系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &试过了 nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10 +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也试过了，都是这个错误，而且不管是平衡还是能量最小化都出错，估计是GPU的问题，只用CPU跑就没问题 |
3楼2017-01-03 18:31:43
lyl453433939
金虫 (正式写手)
高性能设备软硬件集成商
- 应助: 75 (初中生)
- 金币: 976.8
- 散金: 313
- 红花: 15
- 沙发: 1
- 帖子: 887
- 在线: 162.9小时
- 虫号: 1874949
- 注册: 2012-07-02
- 专业: 信息理论与信息系统
4楼2017-01-12 16:59:36
5楼2017-01-13 09:18:06
6楼2017-01-13 15:55:03
7楼2017-01-13 15:58:20
lyl453433939
金虫 (正式写手)
高性能设备软硬件集成商
- 应助: 75 (初中生)
- 金币: 976.8
- 散金: 313
- 红花: 15
- 沙发: 1
- 帖子: 887
- 在线: 162.9小时
- 虫号: 1874949
- 注册: 2012-07-02
- 专业: 信息理论与信息系统
8楼2017-01-13 16:29:07