应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GPU跑NAMD出错求帮助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 1752  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

125442548

铁虫 (初入文坛)

[求助] GPU跑NAMD出错求帮助 已有3人参与

我用TESLA K20 在本地服务器跑NAMD，为什么没多线程同时跑，并且最关键的是动力学跑一会就自动退出了，报错如下：
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html
------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

[8] Stack Traceback:
  [8:0]   [0x12c1525]
  [8:1]   [0x5b06c8]
  [8:2]   [0xaf9842]
  [8:3]   [0x12d6acd]
  [8:4]   [0x12cac02]
  [8:5]   [0x12c125a]
  [8:6]   [0x12be773]
  [8:7] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:8] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
[8] Stack Traceback:
  [8:0]   [0x12c1c05]
  [8:1]   [0x12c14de]
  [8:2]   [0x12c1525]
  [8:3]   [0x5b06c8]
  [8:4]   [0xaf9842]
  [8:5]   [0x12d6acd]
  [8:6]   [0x12cac02]
  [8:7]   [0x12c125a]
  [8:8]   [0x12be773]
  [8:9] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:10] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
有哪位大神遇到过这种情况么？跪求指导。。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2017-01-02 13:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.不清楚你的运行命令。
2.不清楚你的体系是啥。
想得到帮助，先讲清楚问题

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2017-01-02 23:39:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-02 23:39:24
1.不清楚你的运行命令。
2.不清楚你的体系是啥。
想得到帮助，先讲清楚问题

我的体系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &试过了
nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10  +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也试过了，都是这个错误，而且不管是平衡还是能量最小化都出错，估计是GPU的问题，只用CPU跑就没问题
赞一下 回复此楼
3楼2017-01-03 18:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

首先查看是否GPU CUDA驱动和显卡驱动是否安装正确
输入 nvidia-smi -a  和 nvcc -v 是否正常显示内容，然后检查GPU运算时，指定GPU计算的语句是否正确，如有限定条件先删掉再一一加上，避免物理硬件不同导致的错误。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-01-12 16:59:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amaxzhou

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以换GPU了，K80对NAMD提速更快
赞一下 回复此楼
5楼2017-01-13 09:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by amaxzhou at 2017-01-13 09:18:06
可以换GPU了，K80对NAMD提速更快

小实验室，没钱啊
回复此楼
6楼2017-01-13 15:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl453433939 at 2017-01-12 16:59:36
首先查看是否GPU CUDA驱动和显卡驱动是否安装正确
输入 nvidia-smi -a  和 nvcc -v 是否正常显示内容，然后检查GPU运算时，指定GPU计算的语句是否正确，如有限定条件先删掉再一一加上，避免物理硬件不同导致的错误 ...

nvidia-smi没问题，nvcc -v显示找不到命令，我又发现动力学停止的时候nvidia-smi显示找不到K20这块卡，然后再输nvidia-smi就死机了
赞一下 回复此楼
7楼2017-01-13 15:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 125442548 at 2017-01-13 15:58:20
nvidia-smi没问题，nvcc -v显示找不到命令，我又发现动力学停止的时候nvidia-smi显示找不到K20这块卡，然后再输nvidia-smi就死机了...

说明显卡驱动没有正确安装成功，或者显卡没有安装成功，先检查下硬件吧，祝好！
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2017-01-13 16:29:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 125442548 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-28 3/150 2026-03-28 23:58 by wxiongid
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 275求调剂 +10 Micky11223 2026-03-25 14/700 2026-03-28 15:48 by Micky11223
[考研] 085701环境工程，267求调剂 +16 minht 2026-03-26 16/800 2026-03-28 12:16 by zllcz
[考研] 286求调剂 +12 PolarBear11 2026-03-26 12/600 2026-03-28 12:14 by zllcz
[考研] 085602 307分 求调剂 +7 不知道叫什么！ 2026-03-26 7/350 2026-03-28 09:57 by 神马都不懂
[考研] 085404求调剂，总分309，本科经历较为丰富 +4 来财aa 2026-03-25 4/200 2026-03-28 07:41 by 棒棒球手
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 265求调剂11408 +3 刘小鹿lu 2026-03-27 3/150 2026-03-27 20:53 by nihaoar
[考研] 07化学280分求调剂 +10 722865 2026-03-23 10/500 2026-03-27 15:51 by Plutoqq
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 333求调剂 +6 wfh030413@ 2026-03-23 6/300 2026-03-26 22:45 by 学员8dgXkO
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +7 niko- 2026-03-22 7/350 2026-03-25 20:14 by qingfeng258
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 300分，材料，求调剂，英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭