应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GPU跑NAMD出错求帮助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1758  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

125442548

铁虫 (初入文坛)

[求助] GPU跑NAMD出错求帮助 已有3人参与

我用TESLA K20 在本地服务器跑NAMD，为什么没多线程同时跑，并且最关键的是动力学跑一会就自动退出了，报错如下：
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html
------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

[8] Stack Traceback:
  [8:0]   [0x12c1525]
  [8:1]   [0x5b06c8]
  [8:2]   [0xaf9842]
  [8:3]   [0x12d6acd]
  [8:4]   [0x12cac02]
  [8:5]   [0x12c125a]
  [8:6]   [0x12be773]
  [8:7] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:8] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
[8] Stack Traceback:
  [8:0]   [0x12c1c05]
  [8:1]   [0x12c14de]
  [8:2]   [0x12c1525]
  [8:3]   [0x5b06c8]
  [8:4]   [0xaf9842]
  [8:5]   [0x12d6acd]
  [8:6]   [0x12cac02]
  [8:7]   [0x12c125a]
  [8:8]   [0x12be773]
  [8:9] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:10] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
有哪位大神遇到过这种情况么？跪求指导。。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2017-01-02 13:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl453433939 at 2017-01-12 16:59:36
首先查看是否GPU CUDA驱动和显卡驱动是否安装正确
输入 nvidia-smi -a  和 nvcc -v 是否正常显示内容，然后检查GPU运算时，指定GPU计算的语句是否正确，如有限定条件先删掉再一一加上，避免物理硬件不同导致的错误 ...

nvidia-smi没问题，nvcc -v显示找不到命令，我又发现动力学停止的时候nvidia-smi显示找不到K20这块卡，然后再输nvidia-smi就死机了
赞一下 回复此楼
7楼2017-01-13 15:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.不清楚你的运行命令。
2.不清楚你的体系是啥。
想得到帮助，先讲清楚问题

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2017-01-02 23:39:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-02 23:39:24
1.不清楚你的运行命令。
2.不清楚你的体系是啥。
想得到帮助，先讲清楚问题

我的体系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &试过了
nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10  +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也试过了，都是这个错误，而且不管是平衡还是能量最小化都出错，估计是GPU的问题，只用CPU跑就没问题
赞一下 回复此楼
3楼2017-01-03 18:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

首先查看是否GPU CUDA驱动和显卡驱动是否安装正确
输入 nvidia-smi -a  和 nvcc -v 是否正常显示内容，然后检查GPU运算时，指定GPU计算的语句是否正确，如有限定条件先删掉再一一加上，避免物理硬件不同导致的错误。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-01-12 16:59:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 348求调剂 +4 小懒虫不懒了 2026-03-28 4/200 2026-03-29 08:23 by fmesaito
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂 +13 稻妻小编 2026-03-26 13/650 2026-03-29 08:20 by fmesaito
[考研] 调剂求院校招收 +6 鹤鲸鸽 2026-03-28 6/300 2026-03-29 08:15 by fmesaito
[考研] 299求调剂 +8 15188958825 2026-03-25 8/400 2026-03-29 01:36 by fmesaito
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +6 YYYYYNNNNN 2026-03-26 7/350 2026-03-28 20:52 by 唐沐儿
[考研] 材料与化工272求调剂 +9 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 9/450 2026-03-28 15:21 by 1018329917
[考研] 085600，材料与化工321分求调剂 +9 大馋小子 2026-03-28 9/450 2026-03-28 14:56 by 神马都不懂
[考研] 266求调剂 +11 阳阳哇塞 2026-03-27 12/600 2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 5/250 2026-03-27 10:33 by wangjy2002
[考研] 材料调剂 +8 匹克i 2026-03-23 8/400 2026-03-27 08:11 by hypershenger
[考研] 329求调剂 +7 钮恩雪 2026-03-25 7/350 2026-03-27 04:28 by wxiongid
[考研] 333求调剂 +6 wfh030413@ 2026-03-23 6/300 2026-03-26 22:45 by 学员8dgXkO
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-26 6/300 2026-03-26 18:03 by 邱gl
[考研] 271求调剂 +6 生如夏花… 2026-03-22 6/300 2026-03-26 16:48 by 张凯十八号
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭