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GPU跑NAMD出错求帮助 已有3人参与
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我用TESLA K20 在本地服务器跑NAMD，为什么没多线程同时跑，并且最关键的是动力学跑一会就自动退出了，报错如下： FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html ------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------ Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html Charm++ fatal error: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html [8] Stack Traceback: [8:0] [0x12c1525] [8:1] [0x5b06c8] [8:2] [0xaf9842] [8:3] [0x12d6acd] [8:4] [0x12cac02] [8:5] [0x12c125a] [8:6] [0x12be773] [8:7] +0x8182 [0x7fde2bb58182] [8:8] clone+0x6d [0x7fde2ac5900d] [8] Stack Traceback: [8:0] [0x12c1c05] [8:1] [0x12c14de] [8:2] [0x12c1525] [8:3] [0x5b06c8] [8:4] [0xaf9842] [8:5] [0x12d6acd] [8:6] [0x12cac02] [8:7] [0x12c125a] [8:8] [0x12be773] [8:9] +0x8182 [0x7fde2bb58182] [8:10] clone+0x6d [0x7fde2ac5900d] 有哪位大神遇到过这种情况么？跪求指导。。。。。 |
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我的体系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &试过了 nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10 +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也试过了，都是这个错误，而且不管是平衡还是能量最小化都出错，估计是GPU的问题，只用CPU跑就没问题 |
3楼2017-01-03 18:31:43
6楼2017-01-13 15:55:03
7楼2017-01-13 15:58:20