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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GPU跑NAMD出错求帮助
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125442548

铁虫 (初入文坛)

[求助] GPU跑NAMD出错求帮助 已有3人参与

我用TESLA K20 在本地服务器跑NAMD，为什么没多线程同时跑，并且最关键的是动力学跑一会就自动退出了，报错如下：
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html
------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

[8] Stack Traceback:
  [8:0]   [0x12c1525]
  [8:1]   [0x5b06c8]
  [8:2]   [0xaf9842]
  [8:3]   [0x12d6acd]
  [8:4]   [0x12cac02]
  [8:5]   [0x12c125a]
  [8:6]   [0x12be773]
  [8:7] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:8] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
[8] Stack Traceback:
  [8:0]   [0x12c1c05]
  [8:1]   [0x12c14de]
  [8:2]   [0x12c1525]
  [8:3]   [0x5b06c8]
  [8:4]   [0xaf9842]
  [8:5]   [0x12d6acd]
  [8:6]   [0x12cac02]
  [8:7]   [0x12c125a]
  [8:8]   [0x12be773]
  [8:9] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:10] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
有哪位大神遇到过这种情况么？跪求指导。。。。。
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1楼 2017-01-02 13:32:18
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.不清楚你的运行命令。
2.不清楚你的体系是啥。
想得到帮助，先讲清楚问题

发自小木虫Android客户端
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2楼2017-01-02 23:39:24
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125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-02 23:39:24
1.不清楚你的运行命令。
2.不清楚你的体系是啥。
想得到帮助，先讲清楚问题

我的体系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &试过了
nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10  +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也试过了，都是这个错误，而且不管是平衡还是能量最小化都出错，估计是GPU的问题，只用CPU跑就没问题
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3楼2017-01-03 18:31:43
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

首先查看是否GPU CUDA驱动和显卡驱动是否安装正确
输入 nvidia-smi -a  和 nvcc -v 是否正常显示内容，然后检查GPU运算时，指定GPU计算的语句是否正确，如有限定条件先删掉再一一加上，避免物理硬件不同导致的错误。
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4楼2017-01-12 16:59:36
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amaxzhou

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可以换GPU了，K80对NAMD提速更快
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5楼2017-01-13 09:18:06
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125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by amaxzhou at 2017-01-13 09:18:06
可以换GPU了，K80对NAMD提速更快

小实验室，没钱啊
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6楼2017-01-13 15:55:03
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125442548

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyl453433939 at 2017-01-12 16:59:36
首先查看是否GPU CUDA驱动和显卡驱动是否安装正确
输入 nvidia-smi -a  和 nvcc -v 是否正常显示内容，然后检查GPU运算时，指定GPU计算的语句是否正确，如有限定条件先删掉再一一加上，避免物理硬件不同导致的错误 ...

nvidia-smi没问题，nvcc -v显示找不到命令，我又发现动力学停止的时候nvidia-smi显示找不到K20这块卡，然后再输nvidia-smi就死机了
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7楼2017-01-13 15:58:20
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 125442548 at 2017-01-13 15:58:20
nvidia-smi没问题，nvcc -v显示找不到命令，我又发现动力学停止的时候nvidia-smi显示找不到K20这块卡，然后再输nvidia-smi就死机了...

说明显卡驱动没有正确安装成功，或者显卡没有安装成功，先检查下硬件吧，祝好！
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8楼2017-01-13 16:29:07
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