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linanlanda

铜虫 (小有名气)

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[交流] Gromacs 安装问题以及 mdrun 非法命令求大神！已有2人参与

从官网下载的gromacs-4.6.5.tar.gz版本一直到gromacs-5.0.2.tar.gz版本，解压后发现没有configure文件，不能直接按http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d19911d0100ye85.html这个安装方法安装，所以不知道为什么会有configure的
安装方法~~~
用新立得或者在终端直接输入sudo apt-get install gromacs  安装好gromacs后（之前已经安装好lam-mpi&fftw&Cmake&
g++&g77），开始分子模拟（水中的溶菌酶）：
命令有： 1  pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce    （提前下好1AKI.pdb&minim.pdb&ions.pdb文件）
               2  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
               3  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
               4  grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
               5  genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8
               6  grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
(开始出错) 7  mdrun -v -deffnm em
               Back Off! I just backed up em.log to ./#em.log.5#
               Reading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision)
               Using 1 MPI thread
               Using 2 OpenMP threads

               Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.5#

               Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.5#
               非法指令 (核心已转储)
               fan@fan-P5K-SE-EPU:~$
   我的是最新的Ubuntu系统，64位，我导师和学姐的是win7系统，安了Ubuntu虚拟机，老师的和我的问题一样，mdrun……出错
但是奇怪的是学姐的电脑没有问题~ 她的只有Using 1 MPI thread,没有Using 2  OpenMP threads ，然后接着正常运行……
   求大神能帮帮我解决这疑难杂症！！！！！！！！！！！！！！