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linanlanda铜虫 (小有名气)
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Gromacs 安装问题 以及 mdrun 非法命令 求大神！ 已有2人参与
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从官网下载的gromacs-4.6.5.tar.gz版本一直到gromacs-5.0.2.tar.gz版本，解压后发现没有configure文件，不能直接按http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d19911d0100ye85.html这个安装方法安装，所以不知道为什么会有configure的 安装方法~~~ 用新立得或者在终端直接输入sudo apt-get install gromacs 安装好gromacs后（之前已经安装好lam-mpi&fftw&Cmake& g++&g77），开始分子模拟（水中的溶菌酶）： 命令有： 1 pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce （提前下好1AKI.pdb&minim.pdb&ions.pdb文件） 2 editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 3 genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top 4 grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 5 genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8 6 grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr (开始出错) 7 mdrun -v -deffnm em Back Off! I just backed up em.log to ./#em.log.5# Reading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision) Using 1 MPI thread Using 2 OpenMP threads Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.5# Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.5# 非法指令 (核心已转储) fan@fan-P5K-SE-EPU:~$ 我的是最新的Ubuntu系统，64位，我导师和学姐的是win7系统，安了Ubuntu虚拟机，老师的和我的问题一样，mdrun……出错 但是奇怪的是学姐的电脑没有问题~ 她的只有Using 1 MPI thread,没有Using 2 OpenMP threads ，然后接着正常运行…… 求大神能帮帮我解决这疑难杂症！！！！！！！！！！！！！！   |
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