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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs 安装问题 以及 mdrun 非法命令 求大神！
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linanlanda

铜虫 (小有名气)

[交流] Gromacs 安装问题 以及 mdrun 非法命令 求大神！ 已有2人参与

从官网下载的gromacs-4.6.5.tar.gz版本一直到gromacs-5.0.2.tar.gz版本，解压后发现没有configure文件，不能直接按http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d19911d0100ye85.html这个安装方法安装，所以不知道为什么会有configure的
安装方法~~~
    用新立得或者在终端直接输入sudo apt-get install gromacs  安装好gromacs后（之前已经安装好lam-mpi&fftw&Cmake&
g++&g77），开始分子模拟（水中的溶菌酶）：
命令有：   1  pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce      （提前下好1AKI.pdb&minim.pdb&ions.pdb文件）
                  2  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
                  3  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
                  4  grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr                           
                  5  genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8
                  6  grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
(开始出错) 7  mdrun -v -deffnm em
                  Back Off! I just backed up em.log to ./#em.log.5#
                  Reading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision)
                  Using 1 MPI thread
                  Using 2 OpenMP threads

                 Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.5#

                 Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.5#
                 非法指令 (核心已转储)
                 fan@fan-P5K-SE-EPU:~$
       我的是最新的Ubuntu系统，64位，我导师和学姐的是win7系统，安了Ubuntu虚拟机，老师的和我的问题一样，mdrun……出错
但是奇怪的是学姐的电脑没有问题~ 她的只有Using 1 MPI thread,没有Using 2  OpenMP threads ，然后接着正常运行……
       求大神能帮帮我解决这疑难杂症！！！！！！！！！！！！！！
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1楼 2014-10-16 09:29:48
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月灯三昧

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，请问你的问题解决了吗？我也遇到类似的问题了
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2楼2016-12-18 15:22:31
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
每太看明白，是执行的时候无法找到这个命令了还是没法进行并行
赞一下 回复此楼
gromacs
3楼2016-12-22 21:35:14
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