[交流] Gromacs 安装问题 以及 mdrun 非法命令 求大神！ 已有2人参与

从官网下载的gromacs-4.6.5.tar.gz版本一直到gromacs-5.0.2.tar.gz版本，解压后发现没有configure文件，不能直接按http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d19911d0100ye85.html这个安装方法安装，所以不知道为什么会有configure的 安装方法~~~     用新立得或者在终端直接输入sudo apt-get install gromacs  安装好gromacs后（之前已经安装好lam-mpi&fftw&Cmake& g++&g77），开始分子模拟（水中的溶菌酶）： 命令有：   1  pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce      （提前下好1AKI.pdb&minim.pdb&ions.pdb文件）                   2  editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic                   3  genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top                   4  grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr                                              5  genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8                   6  grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr (开始出错) 7  mdrun -v -deffnm em                   Back Off! I just backed up em.log to ./#em.log.5#                   Reading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision)                   Using 1 MPI thread                   Using 2 OpenMP threads                  Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.5#                  Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.5#                  非法指令 (核心已转储)                  fan@fan-P5K-SE-EPU:~$        我的是最新的Ubuntu系统，64位，我导师和学姐的是win7系统，安了Ubuntu虚拟机，老师的和我的问题一样，mdrun……出错 但是奇怪的是学姐的电脑没有问题~ 她的只有Using 1 MPI thread,没有Using 2  OpenMP threads ，然后接着正常运行……        求大神能帮帮我解决这疑难杂症！！！！！！！！！！！！！！

回复此楼

» 猜你喜欢

• 材料学求调剂 已经有6人回复
• 303求调剂 已经有5人回复
• 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 已经有7人回复
• 考研调剂 已经有4人回复
• 281求调剂 已经有4人回复
• 0805 316求调剂 已经有6人回复
• 085601求调剂总分293英一数二 已经有3人回复
• 08工学调剂 已经有17人回复
• 340求调剂 已经有4人回复
• 311求调剂 已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

高级回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

• gromacs安装成功后 所遇到的问题 已经有19人回复
• 安装MS7.0时遇到这个问题，不知道该怎么解决，请大神指导 已经有7人回复
• gromacs 模拟出现周期性问题 已经有6人回复
• 怎么用gromacs模拟混合溶剂？跪求大牛指导。。。 已经有15人回复
• gromacs 中mdrun命令 已经有3人回复
• 在gromacs中运行mdrun命令时出错 已经有10人回复
• Ubuntu 下自动安装gromacs 已经有11人回复