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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助！gromcs创建盒子，盒子里加入2个小肽（原始文件为PDB格式）。
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zqc_75665

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助！gromcs创建盒子，盒子里加入2个小肽（原始文件为PDB格式）。 已有1人参与

怎么才能在一个盒子里加入2个小肽（要求者两个小肽不重叠）？盒子设定为正方体，小肽的原始文件为PDB格式，现在用的软件是gromacs4.5.1。大神呢，拯救我这个小白吧！
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1楼 2017-01-16 14:43:42
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JASE20

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
使用packmol软件建模，准备好in文件就可以，不是很难，这是packmol的一些资料，你可以参考一下
http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-994817.html
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希望能做好科研
2楼2017-01-18 10:14:34
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血轮眼郑辉


发自小木虫Android客户端
3楼2017-01-18 10:32:30
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