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NAMD，完全一样的conf文件，但结果差异显著
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HELP！ 如图所示，用NAMD，在三个温度下（不同颜色），分别跑了5次，但是组内差异甚至超过了组间差异。 一模一样的模拟，跑出来的结果为什么会差异这么大呢？ 力场不合适吗？但换成了36，并且用同一个能量最小化的结构作为初始结构，也是类似的结果。 万分感谢！ ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of # X in a Water Box # 2017-02-18 ############################################################# ## SELF-DEFINED VARIABLE ## ############################################################# set STRUCT X_wb_10 set LAST_RUN X_wb set THIS_RUN X_md1_45_1 set FTS 0 ;# firsttimestep set TEMP 318 ; # temperature set NMD 2500000 ;# 5ns ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/$STRUCT.psf coordinates ../common/$STRUCT.pdb firsttimestep $FTS ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# ## Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $TEMP ## Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 ;# cutoff - 2.0 pairlistdist 14.0 ;# cutoff + 2.0 ## Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 ## Constant Temperature Control tCouple on tCoupleTemp $TEMP ## Periodic Boundary Conditions (PBC) cellBasisVector1 71.44 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 62.92 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 79.15 cellOrigin 24.71 15.60 6.49 wrapAll on ## PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # manual grid definition # PMEGridSizeX 65 # PMEGridSizeY 54 # PMEGridSizeZ 70 ## Constant Pressure Control (variable volume) langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 500.0 langevinPistonDecay 250.0 langevinPistonTemp $TEMP useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no ## Output outputName $THIS_RUN restartfreq 5000 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 2500 xstFreq 2500 outputEnergies 2500 outputPressure 2500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 50000 reinitvels $TEMP run $NMD  捕获.PNG |
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hclwonder
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2楼2017-03-23 11:13:41
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