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可乐白面包

新虫 (小有名气)

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[求助] NAMD，完全一样的conf文件，但结果差异显著

HELP！
如图所示，用NAMD，在三个温度下（不同颜色），分别跑了5次，但是组内差异甚至超过了组间差异。
一模一样的模拟，跑出来的结果为什么会差异这么大呢？
力场不合适吗？但换成了36，并且用同一个能量最小化的结构作为初始结构，也是类似的结果。
万分感谢！

#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

# NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of
# X in a Water Box
# 2017-02-18

#############################################################
## SELF-DEFINED VARIABLE                                  ##
#############################################################

set STRUCT          X_wb_10
set LAST_RUN       X_wb
set THIS_RUN       X_md1_45_1
set FTS             0 ;# firsttimestep
set TEMP             318 ; # temperature
set NMD             2500000 ;# 5ns

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################

structure          ../common/$STRUCT.psf
coordinates          ../common/$STRUCT.pdb
firsttimestep       $FTS

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

## Input
paraTypeCharmm    on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature       $TEMP

## Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist          10.0 ;# cutoff - 2.0
pairlistdist       14.0 ;# cutoff + 2.0

## Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency 2
stepspercycle       10

## Constant Temperature Control
tCouple             on
tCoupleTemp          $TEMP

## Periodic Boundary Conditions (PBC)
cellBasisVector1 71.44 0.0 0.0
cellBasisVector2 0.0 62.92 0.0
cellBasisVector3 0.0 0.0 79.15
cellOrigin       24.71 15.60 6.49
wrapAll          on

## PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSpacing       1.0

# manual grid definition
# PMEGridSizeX       65
# PMEGridSizeY       54
# PMEGridSizeZ       70

## Constant Pressure Control (variable volume)
langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  500.0
langevinPistonDecay 250.0
langevinPistonTemp $TEMP

useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no

## Output
outputName          $THIS_RUN
restartfreq          5000 ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq             2500
xstFreq             2500
outputEnergies       2500
outputPressure       2500

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization
minimize             50000
reinitvels          $TEMP

run                $NMD

捕获.PNG

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1楼 2017-03-23 10:33:06

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hclwonder

新虫 (正式写手)

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专业: 药物设计与药物信息

分子动力学每次的结果是会不一样的，这点跟做实验一样。但组内差异大于组间差异，这可能需要再调整一下参数？

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2楼2017-03-23 11:13:41

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