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[ÇóÖú] NAMD£¬ÍêȫһÑùµÄconfÎļþ£¬µ«½á¹û²îÒìÏÔÖø

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#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of
# X in a Water Box
# 2017-02-18

#############################################################
## SELF-DEFINED VARIABLE                                   ##
#############################################################

set STRUCT            X_wb_10
set LAST_RUN          X_wb
set THIS_RUN          X_md1_45_1
set FTS               0 ;# firsttimestep
set TEMP              318 ; # temperature
set NMD               2500000 ;# 5ns

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure             ../common/$STRUCT.psf
coordinates           ../common/$STRUCT.pdb
firsttimestep         $FTS

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

## Input
paraTypeCharmm           on
parameters           ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature          $TEMP

## Force-Field Parameters
exclude              scaled1-4
1-4scaling           1.0
cutoff               12.0
switching            on
switchdist           10.0 ;# cutoff - 2.0
pairlistdist         14.0 ;# cutoff + 2.0

## Integrator Parameters
timestep             2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds           all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq        1
fullElectFrequency   2  
stepspercycle        10

## Constant Temperature Control
tCouple               on
tCoupleTemp           $TEMP

## Periodic Boundary Conditions (PBC)
cellBasisVector1    71.44   0.0   0.0
cellBasisVector2    0.0   62.92   0.0
cellBasisVector3    0.0   0.0   79.15
cellOrigin          24.71   15.60   6.49
wrapAll             on

## PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                   yes
PMEGridSpacing        1.0

# manual grid definition
# PMEGridSizeX        65
# PMEGridSizeY        54
# PMEGridSizeZ        70

## Constant Pressure Control (variable volume)
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  500.0
langevinPistonDecay   250.0
langevinPistonTemp    $TEMP

useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

## Output
outputName            $THIS_RUN
restartfreq           5000 ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq               2500
xstFreq               2500
outputEnergies        2500
outputPressure        2500

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
minimize              50000
reinitvels            $TEMP

run                   $NMD

NAMD£¬ÍêȫһÑùµÄconfÎļþ£¬µ«½á¹û²îÒìÏÔÖø
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2Â¥2017-03-23 11:13:41
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
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[¿¼ÑÐ] 332Çóµ÷¼Á +4 @MZB382400 2026-03-28 4/200 2026-03-28 21:02 by ÌÆãå¶ù
[¿¼ÑÐ] ѹ¹ú¼ÒÒ»ÇøÏߣ¬Çóµ¼Ê¦ÊÕÁô£¬Óж÷±ØÐ»£¡ +7 ÃÔÈ˵Ĺþ¹þ 2026-03-28 7/350 2026-03-28 16:47 by ´ß»¯´ó°×
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[¿¼ÑÐ] ²ÄÁÏѧ˶£¬Çóµ÷¼Á 6+5 ÌǺù«888ll 2026-03-22 10/500 2026-03-27 08:18 by hypershenger
[¿¼ÑÐ] 304²ÄÁÏÇóµ÷¼Á +4 ÖÓllll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[¿¼ÑÐ] 085601Çóµ÷¼Á×Ü·Ö293Ó¢Ò»Êý¶þ +4 ¸ÖÌú´óÅÚ 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[¿¼ÑÐ] ²ÄÁÏ¿ÆÑ§Ó빤³Ì 317Çóµ÷¼Á +4 JKSOIID 2026-03-26 4/200 2026-03-26 15:58 by ²»³Ôô~µÄ؈
[¿¼ÑÐ] 281Çóµ÷¼Á +6 Koxui 2026-03-24 7/350 2026-03-26 15:37 by Î޼ʵIJÝÔ­
[¿¼ÑÐ] 26¿¼ÑÐ-291·Ö-ÏÃÃÅ´óѧ£¨085601£©-ÈáÐÔµç×ÓѧԺ²ÄÁϹ¤³ÌרҵÇóµ÷¼Á +3 min3 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:22 by xcjcqu
[¿¼ÑÐ] ²ÄÁϵ÷¼Á +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
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