[ÇóÖú] NAMD£¬ÍêÈ«Ò»ÑùµÄconfÎļþ£¬µ«½á¹û²îÒìÏÔÖø

HELP£¡ ÈçͼËùʾ£¬ÓÃNAMD£¬ÔÚÈý¸öζÈÏ£¨²»Í¬ÑÕÉ«£©£¬·Ö±ðÅÜÁË5´Î£¬µ«ÊÇ×éÄÚ²îÒìÉõÖÁ³¬¹ýÁË×é¼ä²îÒì¡£ һģһÑùµÄÄ£Ä⣬ÅܳöÀ´µÄ½á¹ûΪʲô»á²îÒìÕâô´óÄØ£¿ Á¦³¡²»ºÏÊÊÂ𣿵«»»³ÉÁË36£¬²¢ÇÒÓÃͬһ¸öÄÜÁ¿×îС»¯µÄ½á¹¹×÷Ϊ³õʼ½á¹¹£¬Ò²ÊÇÀàËƵĽá¹û¡£ Íò·Ö¸Ðл£¡ ############################################################# ## JOB DESCRIPTION                                         ## ############################################################# # NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of # X in a Water Box # 2017-02-18 ############################################################# ## SELF-DEFINED VARIABLE                                   ## ############################################################# set STRUCT            X_wb_10 set LAST_RUN          X_wb set THIS_RUN          X_md1_45_1 set FTS               0 ;# firsttimestep set TEMP              318 ; # temperature set NMD               2500000 ;# 5ns ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ## ############################################################# structure             ../common/$STRUCT.psf coordinates           ../common/$STRUCT.pdb firsttimestep         $FTS ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS                                   ## ############################################################# ## Input paraTypeCharmm           on parameters           ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature          $TEMP ## Force-Field Parameters exclude              scaled1-4 1-4scaling           1.0 cutoff               12.0 switching            on switchdist           10.0 ;# cutoff - 2.0 pairlistdist         14.0 ;# cutoff + 2.0 ## Integrator Parameters timestep             2.0  ;# 2fs/step rigidBonds           all  ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq        1 fullElectFrequency   2   stepspercycle        10 ## Constant Temperature Control tCouple               on tCoupleTemp           $TEMP ## Periodic Boundary Conditions (PBC) cellBasisVector1    71.44   0.0   0.0 cellBasisVector2    0.0   62.92   0.0 cellBasisVector3    0.0   0.0   79.15 cellOrigin          24.71   15.60   6.49 wrapAll             on ## PME (for full-system periodic electrostatics) PME                   yes PMEGridSpacing        1.0 # manual grid definition # PMEGridSizeX        65 # PMEGridSizeY        54 # PMEGridSizeZ        70 ## Constant Pressure Control (variable volume) langevinPiston        on langevinPistonTarget  1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod  500.0 langevinPistonDecay   250.0 langevinPistonTemp    $TEMP useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell       no useConstantArea       no ## Output outputName            $THIS_RUN restartfreq           5000 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq               2500 xstFreq               2500 outputEnergies        2500 outputPressure        2500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS                                        ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT                                        ## ############################################################# # Minimization minimize              50000 reinitvels            $TEMP run                   $NMD ²¶»ñ.PNG

»Ø¸´´ËÂ¥