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re-member金虫 (小有名气)
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[求助]
用NAMD进行NEMD过程遇到问题，加力不均匀
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我用NAMD进行NEMD模拟，用石墨烯片对水盒子施加压力（z方向是加力方向），但在进行的过程中石墨烯片会出现倾斜（图1）或者旋转（图2），这样加力就不均匀了，请问各位大神是否知道是什么原因，或者是哪里设置的问题？我的体系是两个水盒子之间夹了一个CNT的反渗透模型，然后用两个石墨烯片放在两头对水盒子施加压力。 下面是我的.conf文件 set sysname watbox-grap-1 structure ./${sysname}.psf coordinates ./${sysname}.pdb set temperature 300 set outputname ./NEMD1/${sysname} # Continuing a job from the restart files if {0} { set inputname ./03-output/run binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.restart.xsc } firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ./par_pa.prm # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! temperature $temperature # Periodic Boundary conditions if {1} { cellBasisVector1 45.0 0. 0. cellBasisVector2 0. 45.0 0. cellBasisVector3 0. 0. 258.0 cellOrigin 0. 0. 0. } wrapAll on margin 10.0 # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 14.5 # Integrator Parameters timestep 1 ;# 1fs/step rigidBonds all rigidTolerance 10e-8 rigidIterations 100 nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20 #PME (for full-system periodic electrostatics) if {1} { PME yes PMEGridSpacing 1.0 } # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) if {0} { useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell yes ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea yes ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 200. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature } # Output outputName $outputname restartfreq 1000 ;# 1000steps = every 1ps dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 1000 outputPressure 1000 # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) ； #固定CNT if {1} { fixedAtoms on fixedAtomsFile fixatoms-1.pdb fixedAtomsCol B fixedAtomsForces on } ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...) if {1} { tclforces on set waterCheckFreq 100 set allatompdb ${sysname}.pdb tclForcesScript addforce.tcl } ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {1} { minimize 1000 reinitvels $temperature } run 2000000 ;# 2.0 ns  图1.png  图2.png |
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2楼2017-03-26 14:40:12
re-member
金虫 (小有名气)
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3楼2017-03-29 21:31:32
