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dxl20132009铜虫 (小有名气)
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蛋白质中氨基酸残基质子化状态---PROPKA
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我用propka3.1计算了蛋白的氨基酸的PKa，下面是我的输出文件，怎么看这些信息？哪些信息是需要的呢？ --------- ----- ------ --------------------- -------------- -------------- -------------- DESOLVATION EFFECTS SIDECHAIN BACKBONE COULOMBIC RESIDUE pKa BURIED REGULAR RE HYDROGEN BOND HYDROGEN BOND INTERACTION --------- ----- ------ --------- --------- -------------- -------------- -------------- ASP 36 A 2.88 0 % 0.36 184 0.00 0 0.00 XXX 0 X -0.56 ASP 36 A -0.20 ARG 59 A ASP 36 A 0.00 XXX 0 X -0.12 GLY 37 A 0.00 XXX 0 X ASP 36 A 0.00 XXX 0 X -0.39 ALA 38 A 0.00 XXX 0 X ASP 61 A 3.57 0 % 0.42 224 0.00 0 0.00 XXX 0 X -0.64 ALA 63 A -0.01 N+ 13 A ASP 67 A 3.08 0 % 0.23 100 0.00 0 -0.54 SER 69 A -0.30 ASP 67 A 0.00 XXX 0 X ASP 67 A 0.00 XXX 0 X -0.11 SER 69 A 0.00 XXX 0 X ASP 128 A 3.65 53 % 2.14 430 0.00 0 -0.29 ASN 23 A 0.00 XXX 0 X -0.10 HIS 127 A ASP 128 A -0.75 GLN 24 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X ASP 128 A -0.84 TRP 92 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X ASP 128 A -0.30 TRP 108 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X GLU 14 A 4.85 0 % 0.36 192 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.08 N+ 13 A GLU 14 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.07 ASP 36 A GLU 44 A 4.64 7 % 0.38 300 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.24 ARG 53 A GLU 51 A 4.06 0 % 0.32 168 0.00 0 -0.47 ARG 84 A 0.00 XXX 0 X -0.29 ARG 84 A GLU 101 A 4.42 0 % 0.10 133 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.17 ARG 103 A GLU 116 A 4.54 0 % 0.04 64 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X HIS 87 A 6.25 0 % -0.24 184 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.01 LYS 80 A HIS 112 A 6.09 0 % -0.31 253 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.10 HIS 87 A HIS 127 A 6.41 0 % -0.19 221 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.10 ASP 128 A TYR 22 A 10.31 0 % 0.31 246 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X TYR 43 A 13.74 86 % 3.43 521 0.00 0 -0.04 ASN 23 A 0.00 XXX 0 X 0.65 ASP 128 A TYR 43 A -0.30 SER 27 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X TYR 54 A 10.09 5 % 0.98 296 0.00 0 -0.06 ASN 81 A -0.80 GLU 51 A 0.01 GLU 44 A TYR 54 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.11 GLU 51 A TYR 54 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.15 ARG 84 A TYR 60 A 11.12 0 % 0.72 276 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.30 GLU 14 A TYR 60 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.11 ASP 36 A TYR 60 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.04 ARG 59 A TYR 60 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.03 ASP 61 A TYR 83 A 10.14 0 % 0.13 138 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.01 GLU 44 A TYR 83 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.10 GLU 51 A TYR 83 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X -0.10 ARG 53 A TYR 96 A 10.82 24 % 0.82 348 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X LYS 80 A 10.37 0 % -0.13 174 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X LYS 121 A 10.33 0 % -0.17 103 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X LYS 132 A 9.56 18 % -0.94 333 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X LYS 134 A 10.23 0 % -0.27 230 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X ARG 53 A 12.68 0 % -0.17 220 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.24 GLU 44 A ARG 53 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.10 TYR 83 A ARG 59 A 12.47 0 % -0.28 209 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.20 ASP 36 A ARG 59 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.04 TYR 60 A ARG 84 A 13.09 0 % -0.32 194 0.00 0 0.47 GLU 51 A 0.00 XXX 0 X 0.15 TYR 54 A ARG 84 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.29 GLU 51 A ARG 103 A 12.40 0 % -0.27 245 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.17 GLU 101 A N+ 13 A 7.74 0 % -0.36 276 0.00 0 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.08 GLU 14 A N+ 13 A 0.00 XXX 0 X 0.00 XXX 0 X 0.01 ASP 61 A -------------------------------------------------------------------------------------------------------- SUMMARY OF THIS PREDICTION Group pKa model-pKa ligand atom-type ASP 36 A 2.88 3.80 ASP 61 A 3.57 3.80 ASP 67 A 3.08 3.80 ASP 128 A 3.65 3.80 GLU 14 A 4.85 4.50 GLU 44 A 4.64 4.50 GLU 51 A 4.06 4.50 GLU 101 A 4.42 4.50 GLU 116 A 4.54 4.50 HIS 87 A 6.25 6.50 HIS 112 A 6.09 6.50 HIS 127 A 6.41 6.50 TYR 22 A 10.31 10.00 TYR 43 A 13.74 10.00 TYR 54 A 10.09 10.00 TYR 60 A 11.12 10.00 TYR 83 A 10.14 10.00 TYR 96 A 10.82 10.00 LYS 80 A 10.37 10.50 LYS 121 A 10.33 10.50 LYS 132 A 9.56 10.50 LYS 134 A 10.23 10.50 ARG 53 A 12.68 12.50 ARG 59 A 12.47 12.50 ARG 84 A 13.09 12.50 ARG 103 A 12.40 12.50 N+ 13 A 7.74 8.00 -------------------------------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------- Free energy of folding (kcal/mol) as a function of pH (using neutral reference) 0.00 4.47 1.00 4.45 2.00 4.34 3.00 3.60 4.00 1.94 5.00 1.24 6.00 0.95 7.00 0.41 8.00 0.09 9.00 -0.01 10.00 0.49 11.00 2.19 12.00 3.99 13.00 5.73 14.00 6.87 The pH of optimum stability is 8.8 for which the free energy is -0.0 kcal/mol at 298K The free energy is within 80 % of maximum at pH 8.7 to 8.9 The free energy is negative in the range 8.6 - 9.0 Protein charge of folded and unfolded state as a function of pH pH unfolded folded 0.00 12.00 12.00 1.00 11.99 11.97 2.00 11.91 11.71 3.00 11.16 10.14 4.00 7.72 6.69 5.00 3.40 3.25 6.00 1.45 1.09 7.00 -0.36 -0.67 8.00 -1.48 -1.65 9.00 -2.57 -2.51 10.00 -5.96 -5.13 11.00 -10.62 -9.19 12.00 -12.78 -11.52 13.00 -15.02 -13.82 14.00 -15.88 -15.43 The pI is 7.00 (folded) and 7.00 (unfolded) |
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