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jackyma

新虫 (小有名气)

[求助] 求教: 各种氨基酸在全部蛋白质中出现频率

想请教一下关于蛋白质的一些问题:
20种天然氨基酸在所有蛋白质(PDB中登录的蛋白质)中出现的频率统计有没有人做过?我自己搜索到人体蛋白质中各类氨基酸出现频率,但是想得到所有的蛋白质中出现频率的数据。
有没有哪位虫友知道的?

[ 来自科研家族 海外留学 ]
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547star

木虫 (著名写手)

PDB的太少了吧,即使全部非突变蛋白PDB的统计出来,有代表性吗?
为什么
2楼2011-11-22 13:58:48
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jackyma

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 547star at 2011-11-22 13:58:48:
PDB的太少了吧,即使全部非突变蛋白PDB的统计出来,有代表性吗?

我提问时忽略了PDB里只是部分知道结构的蛋白质,除了PDB数据库里的蛋白质可分析的蛋白质还有别的数据库么?
我只是想得到不同氨基酸在已登录蛋白质中的分布状况,如果没有现成数据自己算又该怎么做,能否给点提示?
3楼2011-11-23 19:43:34
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547star

木虫 (著名写手)

你可以考虑用swiss-prot的做样本.
为什么
4楼2011-11-23 20:41:04
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