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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白质中氨基酸残基质子化状态---PROPKA
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质中氨基酸残基质子化状态---PROPKA

我用propka3.1计算了蛋白的氨基酸的PKa，下面是我的输出文件，怎么看这些信息？哪些信息是需要的呢？
---------  -----   ------   ---------------------    --------------    --------------    --------------
                            DESOLVATION  EFFECTS       SIDECHAIN          BACKBONE        COULOMBIC   
RESIDUE    pKa    BURIED     REGULAR      RE        HYDROGEN BOND     HYDROGEN BOND      INTERACTION  
---------  -----   ------   ---------   ---------    --------------    --------------    --------------

ASP  36 A   2.88     0 %    0.36  184   0.00    0    0.00 XXX   0 X   -0.56 ASP  36 A   -0.20 ARG  59 A
ASP  36 A                                            0.00 XXX   0 X   -0.12 GLY  37 A    0.00 XXX   0 X
ASP  36 A                                            0.00 XXX   0 X   -0.39 ALA  38 A    0.00 XXX   0 X

ASP  61 A   3.57     0 %    0.42  224   0.00    0    0.00 XXX   0 X   -0.64 ALA  63 A   -0.01 N+   13 A

ASP  67 A   3.08     0 %    0.23  100   0.00    0   -0.54 SER  69 A   -0.30 ASP  67 A    0.00 XXX   0 X
ASP  67 A                                            0.00 XXX   0 X   -0.11 SER  69 A    0.00 XXX   0 X

ASP 128 A   3.65    53 %    2.14  430   0.00    0   -0.29 ASN  23 A    0.00 XXX   0 X   -0.10 HIS 127 A
ASP 128 A                                           -0.75 GLN  24 A    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X
ASP 128 A                                           -0.84 TRP  92 A    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X
ASP 128 A                                           -0.30 TRP 108 A    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

GLU  14 A   4.85     0 %    0.36  192   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.08 N+   13 A
GLU  14 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.07 ASP  36 A

GLU  44 A   4.64     7 %    0.38  300   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.24 ARG  53 A

GLU  51 A   4.06     0 %    0.32  168   0.00    0   -0.47 ARG  84 A    0.00 XXX   0 X   -0.29 ARG  84 A

GLU 101 A   4.42     0 %    0.10  133   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.17 ARG 103 A

GLU 116 A   4.54     0 %    0.04   64   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

HIS  87 A   6.25     0 %   -0.24  184   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.01 LYS  80 A

HIS 112 A   6.09     0 %   -0.31  253   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.10 HIS  87 A

HIS 127 A   6.41     0 %   -0.19  221   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.10 ASP 128 A

TYR  22 A  10.31     0 %    0.31  246   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

TYR  43 A  13.74    86 %    3.43  521   0.00    0   -0.04 ASN  23 A    0.00 XXX   0 X    0.65 ASP 128 A
TYR  43 A                                           -0.30 SER  27 A    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

TYR  54 A  10.09     5 %    0.98  296   0.00    0   -0.06 ASN  81 A   -0.80 GLU  51 A    0.01 GLU  44 A
TYR  54 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.11 GLU  51 A
TYR  54 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.15 ARG  84 A

TYR  60 A  11.12     0 %    0.72  276   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.30 GLU  14 A
TYR  60 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.11 ASP  36 A
TYR  60 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.04 ARG  59 A
TYR  60 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.03 ASP  61 A

TYR  83 A  10.14     0 %    0.13  138   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.01 GLU  44 A
TYR  83 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.10 GLU  51 A
TYR  83 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X   -0.10 ARG  53 A

TYR  96 A  10.82    24 %    0.82  348   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

LYS  80 A  10.37     0 %   -0.13  174   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

LYS 121 A  10.33     0 %   -0.17  103   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

LYS 132 A   9.56    18 %   -0.94  333   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

LYS 134 A  10.23     0 %   -0.27  230   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X

ARG  53 A  12.68     0 %   -0.17  220   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.24 GLU  44 A
ARG  53 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.10 TYR  83 A

ARG  59 A  12.47     0 %   -0.28  209   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.20 ASP  36 A
ARG  59 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.04 TYR  60 A

ARG  84 A  13.09     0 %   -0.32  194   0.00    0    0.47 GLU  51 A    0.00 XXX   0 X    0.15 TYR  54 A
ARG  84 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.29 GLU  51 A

ARG 103 A  12.40     0 %   -0.27  245   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.17 GLU 101 A

N+   13 A   7.74     0 %   -0.36  276   0.00    0    0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.08 GLU  14 A
N+   13 A                                            0.00 XXX   0 X    0.00 XXX   0 X    0.01 ASP  61 A

--------------------------------------------------------------------------------------------------------
SUMMARY OF THIS PREDICTION
       Group      pKa  model-pKa   ligand atom-type
   ASP  36 A     2.88       3.80                     
   ASP  61 A     3.57       3.80                     
   ASP  67 A     3.08       3.80                     
   ASP 128 A     3.65       3.80                     
   GLU  14 A     4.85       4.50                     
   GLU  44 A     4.64       4.50                     
   GLU  51 A     4.06       4.50                     
   GLU 101 A     4.42       4.50                     
   GLU 116 A     4.54       4.50                     
   HIS  87 A     6.25       6.50                     
   HIS 112 A     6.09       6.50                     
   HIS 127 A     6.41       6.50                     
   TYR  22 A    10.31      10.00                     
   TYR  43 A    13.74      10.00                     
   TYR  54 A    10.09      10.00                     
   TYR  60 A    11.12      10.00                     
   TYR  83 A    10.14      10.00                     
   TYR  96 A    10.82      10.00                     
   LYS  80 A    10.37      10.50                     
   LYS 121 A    10.33      10.50                     
   LYS 132 A     9.56      10.50                     
   LYS 134 A    10.23      10.50                     
   ARG  53 A    12.68      12.50                     
   ARG  59 A    12.47      12.50                     
   ARG  84 A    13.09      12.50                     
   ARG 103 A    12.40      12.50                     
   N+   13 A     7.74       8.00                     
--------------------------------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------------------------------
Free energy of   folding (kcal/mol) as a function of pH (using neutral reference)
  0.00      4.47
  1.00      4.45
  2.00      4.34
  3.00      3.60
  4.00      1.94
  5.00      1.24
  6.00      0.95
  7.00      0.41
  8.00      0.09
  9.00     -0.01
10.00      0.49
11.00      2.19
12.00      3.99
13.00      5.73
14.00      6.87

The pH of optimum stability is  8.8 for which the free energy is  -0.0 kcal/mol at 298K
The free energy is within 80 % of maximum at pH  8.7 to  8.9
The free energy is negative in the range  8.6 -  9.0

Protein charge of folded and unfolded state as a function of pH
    pH  unfolded  folded
  0.00     12.00   12.00
  1.00     11.99   11.97
  2.00     11.91   11.71
  3.00     11.16   10.14
  4.00      7.72    6.69
  5.00      3.40    3.25
  6.00      1.45    1.09
  7.00     -0.36   -0.67
  8.00     -1.48   -1.65
  9.00     -2.57   -2.51
10.00     -5.96   -5.13
11.00    -10.62   -9.19
12.00    -12.78  -11.52
13.00    -15.02  -13.82
14.00    -15.88  -15.43
The pI is  7.00 (folded) and  7.00 (unfolded)
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1楼 2014-12-08 22:06:44
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lamda

木虫 (著名写手)

笨鸟先飞
软件不错呀。

[ 发自小木虫客户端 ]
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低调
2楼2014-12-08 23:02:58
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lamda at 2014-12-08 23:02:58
软件不错呀。

您用过吗？知道怎么看的吗？
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3楼2014-12-09 10:18:49
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
该软件的在线服务器怎么都打不开呢，我也想试试看呢，谢谢！
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4楼2015-02-03 11:00:48
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nnxqwei at 2015-02-03 11:00:48
该软件的在线服务器怎么都打不开呢，我也想试试看呢，谢谢！

下载下来安装就可以了
赞一下 回复此楼
5楼2015-03-20 15:33:20
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wlgcxy2007

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dxl20132009 at 2015-03-20 15:33:20
下载下来安装就可以了...

从哪里下载呢，求助呀
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6楼2015-06-30 16:03:07
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nanyezhang

铁虫 (初入文坛)
求问楼主，最后问题解决了吗？应该如何看PROPKA的输出结果呢？
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7楼2016-07-13 19:27:58
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douwenhui

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wlgcxy2007 at 2015-06-30 16:03:07
从哪里下载呢，求助呀...

楼主你好 这个软件从哪里下载呀 官网进不去！

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-19 14:33:32
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