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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » EM出现Water molecule starting at atom 5110 can not be settled
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youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] EM出现Water molecule starting at atom 5110 can not be settled

这个类似的错误应该怎么处理？求指点！
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
1楼 2013-07-22 17:37:03
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huyingdamon

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
youngfi: 金币+5, ★有帮助 2013-07-22 22:59:34
呵呵，我是把步长减小解决的 不过Water molecule starting at atom 5110 can not be settled这句话具体对应神什么问题我也还不清楚
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2楼2013-07-22 21:58:38
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-22 21:58:38
呵呵，我是把步长减小解决的 不过Water molecule starting at atom 5110 can not be settled这句话具体对应神什么问题我也还不清楚

我是计算水滴在表面形成的接触角。我想知道，对于建立初始结构有什么技巧吗？问题是之前我计算的一个体系没有出现任何问题，可是现在居然出现这么多cannot be settled, 不好理解！
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
3楼2013-07-22 23:01:28
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by youngfi at 2013-07-22 23:01:28
我是计算水滴在表面形成的接触角。我想知道，对于建立初始结构有什么技巧吗？问题是之前我计算的一个体系没有出现任何问题，可是现在居然出现这么多cannot be settled, 不好理解！...

不好意思了 我也不提清楚
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4楼2013-07-23 18:28:29
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月灯三昧

金虫 (小有名气)
楼主这个问题解决了吗？我也遇到相同问题了
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5楼2016-11-15 16:57:57
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youngfi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月灯三昧 at 2016-11-15 16:57:57
楼主这个问题解决了吗？我也遇到相同问题了

把优化的收敛能量值调的高一点，然后逐步减小。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
6楼2016-11-15 23:00:05
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月灯三昧

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by youngfi at 2016-11-15 23:00:05
把优化的收敛能量值调的高一点，然后逐步减小。...

嗯嗯，我试过了，能量值逐步下降之后，emtol可以达到了，可是中间还是会输出这些。
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7楼2016-11-16 11:07:20
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