24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1899  |  回复: 2

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs mdrun时水分子中的原子有问题

gromacs跑完能量最小化收敛以后,跑md时出现
step 41: Water molecule starting at atom 44926 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
我以为是能量最小化不够,再重新em,可还是会出现这样的问题,这是为什么呢?谁来帮一下我!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

向前冲!!!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiaoyingw(金币+10): 2011-05-17 08:42:13
xiaoyingw(金币+10): 问题解决了,跑几步然后作为初始构型再跑几步,这样子跑了进几次以后就正常了 2011-05-17 08:43:39
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-17 16:04:41
看着貌似是结构的问题,再尝试重新建一个构象试试,你判断最小化“够了”的依据是什么?最小化后的势能你检查过吗?
2楼2011-05-17 00:18:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-06 17:05:23
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate
这已经告诉你了啊
你先减小DT试试
3楼2011-06-05 22:49:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaoyingw 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +19 RichLi_ 2026-03-25 19/950 2026-03-29 15:56 by fmesaito
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程(085601) +7 WW.' 2026-03-23 9/450 2026-03-29 12:42 by fmesaito
[考研] 086000生物与医药调剂 +5 Feisty。 2026-03-28 9/450 2026-03-29 12:02 by longlotian
[考研] 279求调剂 +4 蝶舞轻绕 2026-03-29 4/200 2026-03-29 09:45 by laoshidan
[考研] 0856求调剂 +7 楒桉 2026-03-28 7/350 2026-03-29 08:28 by fmesaito
[考研] 321求调剂 +7 璞玉~~ 2026-03-25 8/400 2026-03-29 06:41 by 544594351
[考研] 083000学硕274求调剂 +8 Li李鱼 2026-03-26 8/400 2026-03-28 20:33 by 加油向未来啊
[考研] 320分,材料与化工专业,求调剂 +9 一定上岸aaa 2026-03-27 13/650 2026-03-28 15:00 by 神马都不懂
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +8 曼111 2026-03-24 9/450 2026-03-28 07:58 by YYYYX1234
[考研] 0703化学求调剂,各位老师看看我!!! +5 祁祺祺 2026-03-25 5/250 2026-03-27 21:44 by 东方猪猪
[考研] 考研调剂 +10 呼呼?~+123456 2026-03-24 10/500 2026-03-27 11:46 by wangjy2002
[考研] 一志愿陕师大生物学071000,298分,求调剂 +5 SYA! 2026-03-23 5/250 2026-03-27 09:29 by 不吃魚的貓
[考研] 机械学硕310分,数一英一,一志愿211本科双非找调剂信息 +3 @357 2026-03-25 3/150 2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315(英一)求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
信息提示
请填处理意见