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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs mdrun时水分子中的原子有问题
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xiaoyingw

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs mdrun时水分子中的原子有问题

gromacs跑完能量最小化收敛以后，跑md时出现
step 41: Water molecule starting at atom 44926 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
我以为是能量最小化不够，再重新em,可还是会出现这样的问题，这是为什么呢？谁来帮一下我！！！
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向前冲！！！
1楼 2011-04-27 22:07:39
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiaoyingw(金币+10): 2011-05-17 08:42:13
xiaoyingw(金币+10): 问题解决了，跑几步然后作为初始构型再跑几步，这样子跑了进几次以后就正常了 2011-05-17 08:43:39
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-17 16:04:41
看着貌似是结构的问题，再尝试重新建一个构象试试，你判断最小化“够了”的依据是什么？最小化后的势能你检查过吗？
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2楼2011-05-17 00:18:30
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-06 17:05:23
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate
这已经告诉你了啊
你先减小DT试试
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-06-05 22:49:38
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