24小时热门版块排行榜

返回列表

xiaoyingw

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 959.1
散金: 146
帖子: 299
在线: 68.5小时
虫号: 738649
注册: 2009-04-02
性别: MM
专业: 生物物理化学

[求助] gromacs mdrun时水分子中的原子有问题

gromacs跑完能量最小化收敛以后，跑md时出现
step 41: Water molecule starting at atom 44926 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
我以为是能量最小化不够，再重新em,可还是会出现这样的问题，这是为什么呢？谁来帮一下我！！！

回复此楼

» 猜你喜欢

同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗已经有6人回复
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有6人回复
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。已经有10人回复
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）已经有9人回复
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车已经有10人回复
遇见不省心的家人很难过已经有24人回复
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性已经有6人回复
酰胺脱乙酰基已经有13人回复
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福已经有10人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

渗滤液中铜、锌、铅、镉、铬这几种重金属的测定，用火焰原子吸收，样品怎么消解已经有12人回复
金属Pt和C，O，H，原子的之间的相互作用用什么势来描述？已经有4人回复
[求助完毕]单原子掺杂金属氧化物，不同位置氧空位形成能不一样，这是为什么呢？已经有10人回复
【求教】电子密度，差分密度，原子电荷这三个之间有什么关系？已经有7人回复
掺杂原子的位置对结果的影响已经有5人回复
求真相，大家看看这篇CCL英文文章是不是有问题已经有19人回复
在vasp计算里，有没有好的只优化原子位置和晶胞体积的方法？已经有8人回复
【分享】ATOMICA Deluxe 原子球小游戏【已搜索无重复】已经有12人回复
请问什么是杂原子，什么是多原子，有什么区别吗已经有3人回复
【求助】gromacs-4 mdrun死掉已经有20人回复
【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已经有50人回复

向前冲！！！

1楼 2011-04-27 22:07:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

whl2dxl

木虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2115.6
红花: 3
帖子: 151
在线: 115小时
虫号: 1267846
注册: 2011-04-17
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiaoyingw(金币+10): 2011-05-17 08:42:13
xiaoyingw(金币+10): 问题解决了，跑几步然后作为初始构型再跑几步，这样子跑了进几次以后就正常了 2011-05-17 08:43:39
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-17 16:04:41

看着貌似是结构的问题，再尝试重新建一个构象试试，你判断最小化“够了”的依据是什么？最小化后的势能你检查过吗？

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-05-17 00:18:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 23 (小学生)
贵宾: 0.779
金币: 569.2
散金: 3220
红花: 31
沙发: 1
帖子: 1821
在线: 349.5小时
虫号: 559371
注册: 2008-05-17
性别: GG
专业: 高分子组装与超分子结构

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-06-06 17:05:23

Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate
这已经告诉你了啊
你先减小DT试试

赞一下(1人)

回复此楼

3楼2011-06-05 22:49:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 xiaoyingw 的主题更新

返回列表